卵形鲳鲹基因组调研及其SSR分子标记的开发应用

作     者：张永德 文露婷 罗洪林 林勇 杜雪松 余艳玲 韦孜娜 黄姻 ZHANG Yong-de;WEN Lu-ting;LUO Hong-lin;LIN Yong;DU Xue-song;YU Yan-ling;WEI Zi-na;HUANG Yin

作者机构：广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室南宁530021 

出 版 物：《南方农业学报》 (Journal of Southern Agriculture)

年 卷 期：2020年第51卷第5期

页      面：983-994页

学科分类：090801[农学-水产养殖] 0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：广西创新驱动发展专项(桂科AA17204080-3,桂科AA18242031-2) 广西公益性科研院所基本科研业务费专项(CXIF-2016-03) 

主　　题：卵形鲳鲹 基因组 核苷酸重复基元 SSR分子标记 遗传多样性 

摘      要：[目的]通过高通量测序技术调研卵形鲳鲹基因组数据并开发SSR分子标记,为卵形鲳鲹全基因组测序与组装、种质资源保护利用及良种选育提供技术支撑。[方法]通过Illumina Hiseq 2500测序平台对卵形鲳鲹基因组进行调研,采用K-mer方法对基因组大小、杂合率、G+C含量及序列重复性等进行分析,从调研数据中分析SSR的分布特征,筛选出多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行遗传多样性分析。[结果]卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31%,重复序列比例为30.19%,G+C含量为41.45%,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组。基因组初步组装结果显示,Contig总长度为627.23 Mb,N50、N90分别为8.21和1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50、N90分别为10.19和2.04 Mb。从卵形鲳鲹基因组调研数据中共检测出190121条SSR序列,SSR序列分布密度为295.8条/Mb。在所有SSR序列中,以二核苷酸重复基元最多(115557条),占60.78%;其次是三核苷酸重复基元(54839条),占28.84%;六核苷酸重复基元最少(1172条),占0.62%。在二核苷酸重复基元中以TG和AC的重复数较多,分别占二核苷酸重复基元总数的22.99%和21.76%。从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多样性分析,结果发现29个SSR位点共检测到98个等位基因,其有效等位基因数(Ne)为1.3998~3.9123(平均为2.6690),期望杂合度(He)为0.2856~0.7444(平均为0.5965),多态信息含量(PIC)为0.2647~0.6968(平均为0.5195);在29个SSR位点中,高度多态性位点(PIC0.50)有15个,其余14个为中度多态性位点(0.25PIC≤0.50),说明卵形鲳鲹群体遗传多样性较丰富。[结论]卵形鲳鲹基因组为简单基因组,利用基因组调研数据可实现SSR分子标记大规模开发,且新开发的SSR分子标记可用于卵形鲳鲹群体遗传多样性分析。