楸树EST-SSR标记开发及种质资源的遗传多样性分析

作     者：杨丹丹 马玲玲 李亚 王良桂 王鹏 Yang Dandan;Ma Lingling;Li Ya;Wang Lianggui;Wang Peng

作者机构：南京林业大学风景园林学院南京210037 江苏省中国科学院植物研究所南京210014 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第4期

页      面：1216-1223页

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31200509) 国家“十三五”课题楸树良种选育与高效培育技术研究(2017YFD0600604) 江苏省重点研发计划(现代农业)项目(BE2016384,BE2017372) 江苏省林业三新工程(LYKJ05)共同资助 

主　　题：楸树(Catalpa bungei) 紫葳科 表达序列标记 群体遗传学 简单重复序列 

摘      要：利用转录组数据开发SSR标记是一种经济高效的DNA分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei)EST-SSR标记,了解其在转录组序列中的分布类型,并利用41对多态性较好的引物对来自安徽(AH)、河南(HN)、湖北(HB)和山东(SD)的4个楸树居群的48个无性系的遗传多样性进行分析。结果表明:在大于1kb的14634条序列中,共鉴定出3999个SSR位点,580条序列包含2个及以上位点;单核苷酸重复(1957,48.94%)是最常见的SSR类型,其次是二核苷酸重复(1164,29.11%),三核苷酸重复(834,20.86%),四核苷酸重复(41,1.03%)和五核苷酸重复(3,0.08%);共扩增出243个等位基因,每个位点的等位基因数为3~13个,平均为4.85个,观测杂合度为0.14?1.00,平均为0.63,期望杂合度为0.42?0.84,平均为0.67,大部分位点偏离哈迪-温伯格平衡;AH和HN居群在有效等位基因数和期望杂合度的数值较高,表明其遗传多样性较丰富;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在居群内。本研究为楸树及同属其他树种种质资源鉴定、遗传多样性提供依据,且在指导楸树良种选育等方面具有重要的意义。