基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定

作     者：马军 刘嘉鑫 江智景 周永森 于振豪 王海山 陈燕 陈攀 黄海 MA Jun;LIU Jiaxin;JIANG Zhijing;ZHOU Yongsen;YU Zhenhao;WANG Haishan;CHEN Yan;CHEN Pan;HUANG Hai

作者机构：海南热带海洋学院海南三亚572022 海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室海南三亚572022 

出 版 物：《南方水产科学》 (South China Fisheries Science)

年 卷 期：2020年第16卷第1期

页      面：127-136页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：海南省重点研发计划项目(ZDYF2018225) 海南省重大科技计划项目(ZDKJ2016009) 海南热带海洋学院2016年学科带头人和博士研究生科研启动项目(RHDXB201612) 

主　　题：密斑刺鲀 转录组 简单重复序列 多态性位点 

摘      要：以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58%),其中15对引物表现出高多态性(PIC0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。