5种文蛤属贝类线粒体基因密码子偏好性分析

作     者：张志东 陈爱华 吴杨平 张雨 陈素华 曹奕 曹广勇 田镇 ZHANG Zhi-dong;CHEN Ai-hua;WU Yang-ping;ZHANG Yu;CHEN Su-hua;CAO Yi;CAO Guang-yong;TIAN Zhen

作者机构：江苏省海洋水产研究所江苏省文蛤良种场江苏省海洋经济贝类研发中心 

出 版 物：《海洋渔业》 (Marine Fisheries)

年 卷 期：2019年第41卷第5期

页      面：589-595页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071002[理学-动物学] 

基　　金：江苏省渔业科技类重大项目(D2018-1) 江苏省科技厅苏北专项(SZ-YC2018064) 江苏省水产三新工程保种项目(BZ2018) 南通市基础科学研究项目(JC2018026) 

主　　题：文蛤属 线粒体CDS序列 密码子 偏好性 

摘      要：为揭示文蛤属贝类线粒体基因组CDS序列密码子偏好性,采用CodonW、Excel 2007、SPSS 16.0和MEGA 5.0等软件对文蛤(Meretrix meretrix)、斧文蛤(M.lamarckii)、丽文蛤(M.lusoria)、短文蛤(M.petechialis)以及皱肋文蛤(M.lyrata)5种文蛤属贝类,并以青蛤(Cyclina sinensis)为参照进行分析。结果表明:文蛤属贝类线粒体基因组偏爱使用U结尾的密码子,使用频率最高的是UCU,其次是ACU,而对C结尾的密码子使用频率最低。5种文蛤属贝类密码子的偏好性反映出了彼此的亲缘关系,即文蛤与短文蛤亲缘关系最近,其次是丽文蛤,与皱肋文蛤和斧文蛤的关系较远,与青蛤关系最远。