生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用

作     者：谭琦 任立群 张祎冰 王亚帝 谷泽慧 黄鹏 陈素贤 TAN Qi;REN Liqun;ZHANG Yibing;WANG Yadi;GU Zehui;HUANG Peng;CHEN Suxian

作者机构：锦州医科大学基础医学院病理学与病理生理学教研室辽宁锦州121001 锦州医科大学附属第三医院病理科辽宁锦州121001 吉林大学药学院实验药理与毒理学教研室吉林长春130021 

出 版 物：《吉林大学学报（医学版）》 (Journal of Jilin University：Medicine Edition)

年 卷 期：2019年第45卷第5期

页      面：1098-1105,I0006页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：辽宁省科技厅自然科学基金资助课题(2013022007) 

主　　题：miR-21-5p 乳腺肿瘤 三阴性乳腺癌 生物信息学 靶基因 

摘      要：目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞 系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P70000,TNBC患者 经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织 中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。