变异链球菌SMU.2055蛋白晶体结构及其小分子抑制剂设计与筛选

作     者：陈晓丹 展秀荣 吴昕彧 赵春燕 赵望泓 Chen Xiaodan;Zhan Xiurong;Wu Xinyu;Zhao Chunyan;Zhao Wanghong

作者机构：南方医科大学南方医院口腔科 南方医科大学口腔医学院广州510515 南开大学口腔医院 天津市口腔医院牙体牙髓病科天津300041 兰州大学药学院兰州730000 

出 版 物：《华西口腔医学杂志》 (West China Journal of Stomatology)

年 卷 期：2015年第33卷第2期

页      面：182-186页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 1002[医学-临床医学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81050035) 广东省高校人才引进基金资助项目(C1030636) 南方医科大学南方医院院长基金资助项目(2013B003) 

主　　题：变异链球菌 蛋白质晶体学 小分子抑制剂 

摘      要：目的研究变异链球菌UA159中SMU.2055蛋白的三维晶体结构,并基于其结构进行小分子抑制剂的设计与筛选。方法运用结构基因组学研究方法,通过基因克隆和表达、蛋白质纯化、晶体筛选、晶体衍射数据收集,解析SMU.2055蛋白三维晶体结构,并运用计算机辅助药物设计方法,利用Libdock、Autodock两种程序,通过虚拟筛选和精确对接方式,建立与SMU.2055结构相匹配的小分子抑制剂虚拟模型。结果获得SMU.2055蛋白结晶,解析SMU.2055蛋白三维晶体结构,晶体衍射率为0.23 nm,属于C2221空间群,晶胞参数为a=9.20 nm,b=9.46 nm,c=19.39 nm,溶剂体积分数为56.7%。设计并筛选出与SMU.2055蛋白结构匹配度高的5个小分子化合物。结论变异链球菌SMU.2055蛋白质晶体学研究有助于从分子水平上深入了解变异链球菌蛋白质的结构和功能,筛选出的5个小分子化合物可能成为SMU.2055的有效小分子抑制剂,所建立的小分子抑制剂虚拟模型为基于蛋白质结构的防龋研究奠定基础。