相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

作     者：刘雪梅 李文 黄管大 黄天来 叶宇中 徐国皓 LIU Xuemei;LI Wen;HUANG Guanda;HUANG Tianlai;YE Yuzhong;XU Guohao

作者机构：华南理工大学物理与光电学院 

出 版 物：《华南理工大学学报（自然科学版）》 (Journal of South China University of Technology(Natural Science Edition))

年 卷 期：2019年第47卷第6期

页      面：136-141,148页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 0810[工学-信息与通信工程] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 07[理学] 0805[工学-材料科学与工程（可授工学、理学学位）] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(11205061) 广东省科技计划项目(2016A010101020)~~ 

主　　题：相异度算法d2S 邻接法(NJ) k-mer 16S rRNA 噬菌体 

摘      要：在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k =4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.