利用线粒体COI基因揭示中国乌骨鸡遗传多样性和群体遗传结构

作     者：翁茁先 黄佳琼 张仕豪 余锴纯 钟福生 黄勋和 张彬 Weng Zhuoxian;Huang Jiaqiong;Zhang Shihao;Yu Kaichun;Zhong Fusheng;Huang Xunhe;Zhang Bin

作者机构：湖南农业大学动物科学技术学院长沙410128 嘉应学院生命科学学院广东梅州514015 广东省五华三黄鸡科技创新中心广东梅州514015 

出 版 物：《生物多样性》 (Biodiversity Science)

年 卷 期：2019年第27卷第6期

页      面：667-676页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：广东省公益研究与能力建设项目(2016A030303068) 嘉应学院省市共建重点建设项目(嘉院27号) 

主　　题：乌骨鸡 线粒体COI基因 遗传变异 遗传分化 

摘      要：全面了解中国乌骨鸡的遗传背景有利于保护和开发利用其种质资源。本研究测定了中国12个乌骨鸡品种线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因,比较分析其遗传多样性和群体遗传结构。255份乌骨鸡样品共检测到22个变异位点,占分析位点的3.17%;核苷酸多样性为0.00142–0.00339,单倍型多样性为0.380–0.757,其中略阳乌鸡核苷酸多样性最高,德化黑鸡最低。检测到7个氨基酸变异位点,来自6个品种共11个个体。定义了24种单倍型,其中单倍型H1和H3为12个乌骨鸡品种共享,出现频率分别为115次和64次;盐津乌骨鸡单倍型数最多,广西乌鸡最少。中性检验与错配分析显示实验种群未经历显著的群体扩张事件。分子变异分析显示81.06%的变异来自群体内;品种间遗传距离为0.002–0.004,品种间遗传分化系数Fst值为–0.035至0.594,雪峰乌骨鸡与其他种群间的遗传分化程度最高。邻接树显示,乌骨鸡未能独立形成分支,不能从家鸡和红原鸡中有效区分开来。中国乌骨鸡中介网络图将24个单倍型分为3条进化主支,呈现出一定的品种特异性,由无量山乌骨鸡、云南盐津乌骨鸡和雪峰乌骨鸡组成单倍型H8、H9、H11、H12游离于这3条进化主支之外。增加其他家鸡和红原鸡COI基因的中介网络图主体结构与中国乌骨鸡的相同。结果表明中国乌骨鸡品种遗传多样性较低,但品种间遗传分化显著,可能是从当地家鸡中选育而来,需要加强种质资源的保护。