欧亚大陆分布的大花菟丝子叶绿体基因组插入缺失分析(英文)

作     者：王朝波 龚洵 

作者机构：中国科学院昆明植物研究所资源植物与生物技术重点实验室云南昆明650201 中国科学院大学北京100049 

出 版 物：《植物分类与资源学报》 (Plant Diversity)

年 卷 期：2013年第35卷第2期

页      面：158-164页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：The Joint Funds of the National Natural Science Foundation of China Yunnan Provincial Government(U1136602) 

主　　题：大花菟丝子 叶绿体基因组 插入缺失 对比分析 

摘      要：运用鸟枪法在 Illumina 测序仪上对亚洲分布的大花菟丝子 ( Cuscuta reflexa) 叶绿体基因组核苷酸全序列进行测定,并与已经发表的分布于欧洲的大花菟丝子进行了比较分析。研究结果表明亚洲分布的大花菟丝子叶绿体基因组总长度为 120 972 bp,由 79 499 bp 的长单拷贝区,8 369 bp 的短单拷贝区,以及两个16 552 bp 的反向重复区组成,其长度比欧洲分布的大花菟丝子小了 549 bp; 基因组总 GC 含量为 38. 3% ,稍高于欧洲分布的大花菟丝子。两地区的大花菟丝子叶绿体全基因组编码的功能基因完全相同,且基因排列顺序也完全一致。另外,经过进一步序列比对后发现亚洲分布的大花菟丝子与欧洲分布的存在 251 个插入和210 个缺失现象,总插入缺失及碱基替换长度分别为 7 649 bp 和 3 720 bp,最大的插入和缺失长度分别为426 bp 和 435 bp。很多插入缺失都是单碱基,但仍然存在四个长度超过 200 bp 的大突变,两个大的缺失发生在 ycf2 基因中,两个大的插入分别发生在 trnF-psbE 和 matK-trnQ 间隔区,详细的对比后发现大量的插入缺失都发生在大单拷贝区的基因间隔区,且插入缺失在反向重复区的发生频率较低。本研究首次报道不同大洲分布的同种异养植物的叶绿体全基因组比较分析,为研究这两个区域的居群多样性提供了基础资料。