蛋白质分子与配体结合过程构象变化的研究
Conformational Changes Accompanying with the Binding of Protein and Ligand作者机构：北京大学物理化学研究所
出 版 物：《化学学报》 (Acta Chimica Sinica)
年 卷 期：2000年第58卷第7期
页 面：772-776页
核心收录：
学科分类：081704[工学-应用化学] 07[理学] 070304[理学-物理化学(含∶化学物理)] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 0703[理学-化学]
基 金：中国科学技术部和国家自然科学基金(29525306 29703001)资助项目
摘 要：蛋白质分子与配体的作用模式主要有直接的环区结合及铰链式结合两种方式.针对这两种不同的作用方式,我们提出采用不同的策略进行结合过程的构象研究.对于直接的环区结合模式,通过建立环区主链构象库,来实现蛋白质环区与配体的准柔性对接,并以链霉抗生物素蛋白体系为例对构象库建立的可行性进行了验证计算.对铰链结合方式,采用分步对接的方法进行计算,并具体应用于HIV蛋白酶与其小分子配体的结合过程.计算结果表明,这两种处理方法分别能较好地模拟不同类型的蛋白质与配体结合后的构象变化.
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