红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释

作     者：吴亚维 徐娟 韩秀梅 张兴无 洪怡 文晓鹏 Wu Yawei;Xu Juan;Han Xiumei;Zhang Xingwu;Hong Yi;Wen Xiaopeng

作者机构：贵州大学生命科学院贵州大学农业生物工程研究院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵阳550025 贵州省农科院果树科学研究所贵阳550006 华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室武汉430070 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2019年第17卷第2期

页      面：400-410页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31760566) 园艺植物生物学教育部重点实验室开放课题资助 山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室开放基金项目共同资助 

主　　题：火龙果 转录组 差异表达基因 SSR 

摘      要：为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)、SWISS-PROT (an annotated protein sequence database)、Nt(NCBI nucleotide sequences)、KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)、COG (clusters of orthologous groups)和GO (gene ontology)数据库,并进行差异表达基因聚类分析和KEGG通路分析,对基于高通量测序拼接获得Unigenes进行SSR (simple sequence repeats)位点分析。结果表明,测序共获得74 033个Unigenes,其中有42 606个得到注释,‘紫红龙’和‘晶红龙’果肉差异表达基因11 958个,在‘紫红龙’果肉中分别有2 674个基因上调表达、9 284个下调表达,找到与甜菜苷代谢相关的差异表达基因25个,DODA、CYP76AD和GT7基因可能在火龙果甜菜苷调控中发挥正调控作用。通过SSR位点信息分析,从74 033个Unigene中共检测到15 770个SSR位点,含SSR标记序列12 988个,出现频率最高的复基元为AG/CT,共获得6 562条SSR引物,按照SSR序列长度大于20 bp的标准筛选得到1 291条SSR引物。本研究结果可为火龙果果肉颜色形成机制的阐明及其遗传育种提供理论依据。