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五种蔷薇属植物基因组DNA的提取及鉴定

种子 2002年第6期21卷 18-21页

作者：文晓鹏邓秀新华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室

高质量基因组 DNA的有效提取是蔷薇属植物分子生物学研究的基础。本文以单宁、多糖含量高、极易褐化的 5种蔷薇属植物的嫩叶 ,以及刺梨、月季组培苗和愈伤组织为材料 ,探索了改良 CTAB法、SDS法及 CTAB微量法分离基因组DNA的方法。结果... 详细信息

高质量基因组 DNA的有效提取是蔷薇属植物分子生物学研究的基础。本文以单宁、多糖含量高、极易褐化的 5种蔷薇属植物的嫩叶 ,以及刺梨、月季组培苗和愈伤组织为材料 ,探索了改良 CTAB法、SDS法及 CTAB微量法分离基因组DNA的方法。结果表明 ,采用材料裂解前加入不含 CTAB的缓冲液 ,及提取过程中用 4%β-巯基乙醇的改良 CTAB法 ,可有效地控制田间材料的褐变及 DNA污染 ,分离出适合限制性酶切反应的高质量 DNA;该法获得的未经纯化的粗提 DNA及 CTAB法分离的组培材料 DNA,可有效地用于蔷薇属植物基于 PCR扩增的分子生物学研究。

关键词：蔷薇属植物基因组DNA 提取鉴定 CTAB法

马尾松紫色酸性磷酸酶基因PmPAP1的克隆与表达模式分析

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林业科学研究 2016年第6期29卷 797-806页

作者：张婷丁贵杰文晓鹏贵州大学农业生物工程研究院/生命科学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学林学院贵州贵阳550025

[目的]研究马尾松紫色酸性磷酸酶基因功能及其对低磷胁迫的应答。[方法]采用RACE法克隆马尾松紫色酸性磷酸酶(PAPs)家族成员Pm PAP1,利用软件和数据库,对基因结构功能进行多重分析预测,检测其接种外生真菌及低磷胁迫下的表达模式。[结果... 详细信息

[目的]研究马尾松紫色酸性磷酸酶基因功能及其对低磷胁迫的应答。[方法]采用RACE法克隆马尾松紫色酸性磷酸酶(PAPs)家族成员Pm PAP1,利用软件和数据库,对基因结构功能进行多重分析预测,检测其接种外生真菌及低磷胁迫下的表达模式。[结果]表明,Pm PAP1基因c DNA全长2 520 bp,开放阅读框1 869 bp,编码622个氨基酸残基,具紫色酸性磷酸酶保守结构域特征,属于高分子量PAPs。Pm PAP1有信号肽,无跨膜区,推测定位于细胞质基质或细胞器基质中,它与莲(Nelumbo nucifera)、无油樟(Amborella trichopoda)的亲缘关系最近,相似性分别达71%和69%,进化关系古老、保守性强。时空表达分析表明,Pm PAP1的表达受外生菌根诱导,在不同组织中均有表达,其根中的表达量显著高于茎和叶。在菌根化和非菌根化的幼苗中,Pm PAP1的表达均受基质中磷含量的影响,表现为低磷条件下高效激活,高磷条件下其表达反而受到抑制。低磷胁迫下根系中酸性磷酸酶活性持续增高,说明其活性与磷供给水平和时间有相关性。[结论]首次克隆鉴定了1个受外生菌根诱导的马尾松紫色酸性磷酸酶基因,其参与了对低磷胁迫的应答,为深刻认识马尾松耐低磷的分子机制、遗传改良提供了新信息和新思路。

关键词：马尾松外生菌根紫色酸性磷酸酶基因表达分析

利用ISSR标记探讨贵州地方樱桃种质玛瑙红的起源原因

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北京林业大学学报 2011年第6期33卷 94-97页

作者：宋常美文晓鹏贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室贵阳学院生物与环境工程系

为探讨玛瑙红的起源原因,利用ISSR标记对贵州省纳雍县地方樱桃种质玛瑙红、酸樱桃、黑珍珠和4种欧洲甜樱桃等种质的亲缘关系进行分析。结果表明:用15条稳定性强、条带清晰及多态性丰富的引物进行PCR扩增,共获得286个标记位点,其中多态... 详细信息

为探讨玛瑙红的起源原因,利用ISSR标记对贵州省纳雍县地方樱桃种质玛瑙红、酸樱桃、黑珍珠和4种欧洲甜樱桃等种质的亲缘关系进行分析。结果表明:用15条稳定性强、条带清晰及多态性丰富的引物进行PCR扩增,共获得286个标记位点,其中多态性位点为249个,多态性比例为87.06%;采用NTSYS2.01软件计算,7种樱桃相似性系数为0.41～0.94,玛瑙红与酸樱桃的相似系数为0.57。玛瑙红和酸樱桃在分子水平上的遗传差异很大,该种质可能为酸樱桃的实生变异种质。

关键词：樱桃种质玛瑙红贵州 ISSR

马尾松谷胱甘肽过氧化物酶PmGPX6基因cDNA克隆及转化拟南芥耐旱性初步研究

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林业科学研究 2016年第6期29卷 839-846页

作者：蔡琼丁贵杰文晓鹏贵州省森林资源与环境研究中心贵州贵阳550025 贵州大学林学院贵州贵阳550025 贵州省农业生物工程重点实验室贵州贵阳550025

[目的]克隆马尾松谷胱甘肽过氧化物酶基因,并对其进行功能研究。[方法]采用RACE技术克隆基因c DNA序列,实时荧光定量PCR检测基因在马尾松干旱胁迫下的表达模式,花序浸泡法转化拟南芥,并对转基因与野生型拟南芥的生长表型和根系生长进行... 详细信息

[目的]克隆马尾松谷胱甘肽过氧化物酶基因,并对其进行功能研究。[方法]采用RACE技术克隆基因c DNA序列,实时荧光定量PCR检测基因在马尾松干旱胁迫下的表达模式,花序浸泡法转化拟南芥,并对转基因与野生型拟南芥的生长表型和根系生长进行分析。利用荧光显微镜技术对转基因拟南芥不定根进行GFP荧光检测。[结果]克隆到1个871 bp的GPX基因全长c DNA序列,命名为Pm GPX6。Pm GPX6包括513 bp的完整开放阅读框,编码170个氨基酸残基。Pm GPX6蛋白与油松Pt GPX蛋白同源性达95%。Pm GPX6在马尾松根中高表达,茎、叶中表达量低。在干旱胁迫下,Pm GPX6在根、茎、叶中的表达量均在第15天达到最大,随后出现下降趋势。过表达Pm GPX6与野生型拟南芥植株在正常水分条件下表型与根长差异不大,但在干旱胁迫下,转基因植株根系更长。转基因拟南芥根在蓝色光激发下能发出强烈的绿色荧光,表明Pm GPX6基因能高效表达。[结论]推测Pm GPX6可能参与马尾松干旱胁迫应答。

关键词：马尾松谷胱甘肽过氧化物酶转基因拟南芥抗旱性

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火龙果组培苗体细胞无性系变异及其分子检测

果树学报 2017年第12期34卷 1527-1536页

作者：聂琼文晓鹏贵州大学农业生物工程研究院.生命科学学院贵阳550025 贵州大学农学院贵阳550025

【目的】了解火龙果离体快繁体细胞无性系的遗传稳定性,并揭示变异系间的遗传关系。【方法】以单粒种子萌发的丛芽扩繁第1代和第4代再生幼苗为材料,分析繁殖系数及棱的形态变化,并采用ISSR、SRAP和IRAP标记技术进行遗传变异分析。【结... 详细信息

【目的】了解火龙果离体快繁体细胞无性系的遗传稳定性,并揭示变异系间的遗传关系。【方法】以单粒种子萌发的丛芽扩繁第1代和第4代再生幼苗为材料,分析繁殖系数及棱的形态变化,并采用ISSR、SRAP和IRAP标记技术进行遗传变异分析。【结果】繁殖系数为14.9。快繁第4代试管苗中有3棱、4棱等6种形态学变异,其中5棱丛芽最多(50.54%),8棱丛芽最少(1%左右);3棱和4棱丛芽在RNA水平上(SRAP标记)表现出差异。24条ISSR引物、11对SRAP引物和17条IRAP引物在70个样品中共产生405条带,其中多态性带29条。扩繁第1代植株未发生DNA水平的变异,第4代植株的DNA条带出现了增加或缺失现象,植株变异频率为24.2%。16株变异株与原始植株(种子萌发植株)的遗传相似系数为0.77~0.97。在相似系数为0.90时,可将16个变异株分为4类,其中第Ⅰ类包括原始植株和12个变异株,第Ⅳ类与原始植株的差异最大,是GA3缺陷型矮化突变体。采用IRAP、SRAP、ISSR标记检测出的变异植株数量及多态性位点均存在差异。【结论】建立的火龙果快繁体系的繁殖系数为14.9,随快繁次数的增加,繁殖系数、生长势及遗传稳定性有下降的趋势。快繁第4代的体细胞无性系变异频率为24.2%,主要表现在DNA水平和棱茎形态上的变化。获得的16个变异株与原始植株的遗传相似系数为0.77~0.97,被分为4类,第Ⅳ类是GA3缺陷型矮化突变体。3棱和4棱丛芽差异可能是基因差异表达的结果。新开发的IRAP标记是检测火龙果无性系变异的有效手段。

关键词：火龙果体细胞无性系变异 ISSR SRAP IRAP

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刺梨及其近缘种PCR实验体系的建立与优化

果树学报 2003年第1期20卷 35-39页

作者：文晓鹏 2邓秀新华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室贵州大学农学院贵州贵阳550025

以刺梨及其近缘种月季为试材,进行了RAPD-PCR实验参数的确立和优化试验。结果表明,刺梨及月季25μL反应体系的最优组成为2.5μL10×反应缓冲液,2mmol/LMg2+,0.2mmol/LdNTP,1.6mg/L模板DNA,0.4μmol/L随机引物和1.2UTaqDNA多聚酶。经PCR... 详细信息

以刺梨及其近缘种月季为试材,进行了RAPD-PCR实验参数的确立和优化试验。结果表明,刺梨及月季25μL反应体系的最优组成为2.5μL10×反应缓冲液,2mmol/LMg2+,0.2mmol/LdNTP,1.6mg/L模板DNA,0.4μmol/L随机引物和1.2UTaqDNA多聚酶。经PCR扩增验证,此反应体系亦适宜于刺梨的部分近缘种,可有效用于RAPD分析;通过将退火温度提高至50℃或采用“Touchdown”扩增程序,并在50μL反应体系中适当增加特异引物对浓度(1.0μmol/L),模板DNA(4.0mg/L)和TaqDNA多聚酶(3.0U/管)的使用量,建立起适合于刺梨特异DNA片段检测及回收的特异PCR扩增实验体系,为刺梨的分子克隆奠定了技术基础。

关键词：刺梨近缘种 PCR扩增实验体系

利用细胞学和分子标记检测刺梨愈伤组织的遗传稳定性

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果树学报 2003年第6期20卷 467-470页

作者：文晓鹏邓秀新华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室

以发育25～30d幼胚诱导的愈伤组织为试材,采用染色体计数、RAPD和AFLP标记,对贵农5号(***.5)及白花刺梨(***)不同继代次数愈伤组织的遗传稳定性进行检测。结果表明,刺梨染色体非整倍性现象较为普遍,在1～2代时即占观察数的9.43%,在第20... 详细信息

以发育25～30d幼胚诱导的愈伤组织为试材,采用染色体计数、RAPD和AFLP标记,对贵农5号(***.5)及白花刺梨(***)不同继代次数愈伤组织的遗传稳定性进行检测。结果表明,刺梨染色体非整倍性现象较为普遍,在1～2代时即占观察数的9.43%,在第20代时为20.75%,其中亚倍体为15.09%;采用124个随机引物和54对选择性引物扩增,贵农5号在第15代能检测出变异,而第20代分别检测出1.96%和1.68%的变异标记;在白花刺梨上,共扩增出1336条清晰AFLP带,其中第15代检测出7条变异带,而第20代的变异带为2.24%。因此用于种质资源离体保存时,刺梨愈伤组织的继代数应控制在10代以内。

关键词：刺梨愈伤组织染色体 RAPD AFLP

不同基因型刺梨及其近缘种亲缘关系的RAPD分析

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农业生物技术学报 2003年第6期11卷 605-611页

作者：文晓鹏邓秀新武汉 430070 武汉430070 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室贵州大学农学院贵阳550025

采用 RAPD 标记,对刺梨(Rosa roxburghii Tratt)7个基因型及8个近缘种(类型)进行鉴定和亲缘关系分析。结果表明,筛选出的16个随机引物可扩增出137条480 bp 到3.3 kb 大小的清晰 DNA 片段,其中95条为多态性片段,为总数的69.3%;每个引物... 详细信息

采用 RAPD 标记,对刺梨(Rosa roxburghii Tratt)7个基因型及8个近缘种(类型)进行鉴定和亲缘关系分析。结果表明,筛选出的16个随机引物可扩增出137条480 bp 到3.3 kb 大小的清晰 DNA 片段,其中95条为多态性片段,为总数的69.3%;每个引物平均产生8.6条。由 OPB-11、OPAF-16和 OPW-02扩增的14条特异 DNA 片段,可有效地将普通刺梨7个基因型和无籽刺梨区分开来。基于遗传距离矩阵,采用 UPGMA 法对15个供试样品的亲缘关系进行了聚类分析,文中还就无籽刺梨及重瓣刺梨的可能来源进行了探讨。

关键词：刺梨近缘种指纹亲缘关系 RAPD

刺梨及部分近缘种形态学性状和RAPD标记分析

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园艺学报 2003年第2期30卷 204-206页

作者：文晓鹏庞晓明邓秀新华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室贵州大学农学院贵阳550025

通过 36个形态学性状和 2 9个引物RAPD扩增获得的分子标记 ,探索刺梨及部分近缘种的亲缘关系。结果表明 ,普通刺梨所有基因型之间的亲缘关系较近 ,而与其余种类相对较远 ;无籽刺梨与贵州缫丝花的遗传距离较近 ,形态学和RAPD聚类分析都... 详细信息

通过 36个形态学性状和 2 9个引物RAPD扩增获得的分子标记 ,探索刺梨及部分近缘种的亲缘关系。结果表明 ,普通刺梨所有基因型之间的亲缘关系较近 ,而与其余种类相对较远 ;无籽刺梨与贵州缫丝花的遗传距离较近 ,形态学和RAPD聚类分析都显示很近的亲缘关系 ;尽管两类遗传距离的排序和聚类分析有一定差异 ,但Mantel相关性检测表现出显著相关性 (r=0 .6 12 2 ,P <0 .0 1)。还就无籽刺梨的可能来源进行了讨论。

关键词：刺梨近缘种形态学 RAPD标记分析 Mantel相关性检测