基于RNA-seq的银线草转录组分析

作     者：李依民 胡本祥 彭亮 沈霞 高静 王昌利 颜永刚 张岗 LI Yi-min;HU Ben-xiang;PENG Liang;SHEN Xia;GAO Jing;WANG Chang-li;YAN Yong-gang;ZHANG Gang

作者机构：陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室陕西西安712046 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2018年第49卷第21期

页      面：4967-4974页

核心收录：

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：陕西省教育厅专项(18JK0216) 陕西中医药大学新进博士科研启动经费(104080001) 陕西省高校首批青年杰出人才支持计划项目 咸阳市中青年科技领军人才项目 陕西省科技厅项目(2016KTTSSF01-01-01) 国家中医药管理局项目(ZYBZH-C-QIN-45) 

主　　题：银线草 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 RNA-seq 

摘      要：目的获得银线草Chloranthusjaponicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台IlluminaHiSeq TM2000150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果转录组测序共获得68458750条高质量序列(cleanreads),Trinitydenovo组装获得56 096个unigenes,平均长度801 nt。BLAST分析显示分别有25 773(45.94%)、17 801(31.73%)、16 082(28.67%)、9649(17.20%)个unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类40分支,涉及131个KEGG标准代谢通路,其中包括16个次生代谢标准通路。进一步分析获得170个基因参与单萜、二萜、倍半萜、三萜等萜类化合物生物合成通路。同时,转录组预测编码蛋白框序列1 887个;高等植物转录因子54个家族。借助MISA软件发现8 987个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最丰富,有5 948个,出现频率为66.2%,五碱基重复SSRs相对较少,占1.3%。结论基于RNA-seq分析获得银线草根茎转录组信息特征及萜类合成代谢通路关键基因,为后期银线草活性成分次生代谢途径解析及调控研究奠定基础。