埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析

作     者：朱永强 戚中田 王升跃 董辉 ZHU Yong-qiang;QI Zhong-tian;WANG Sheng-yue;DONG Hui

作者机构：上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海201203 复旦大学生命科学学院上海200433 第二军医大学热带医学和公共卫生学系生物防御(微生物)教研室上海200433 

出 版 物：《第二军医大学学报》 (Academic Journal of Second Military Medical University)

年 卷 期：2015年第36卷第6期

页      面：612-618页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金："艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治"科技重大专项"十二五"课题(2013ZX10004104) 国家自然科学基金(91331107) 上海市科委基础研究课题(12ZR1421200)~~ 

主　　题：埃博拉病毒 病毒基因组 变异(遗传学) 计算生物学 

摘      要：目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。