基于红花不同组织转录组数据的转录因子分析

作     者：董园园 刘秀明 姚娜 李海燕 DONG Yuan-yuan;LIU Xiu-ming;YAO Na;LI Hai-yan

作者机构：吉林农业大学生物反应器与药物开发教育部工程研究中心吉林长春130118 吉林农业大学生命科学学院吉林长春130118 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2017年第48卷第21期

页      面：4515-4522页

核心收录：

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：国家高技术研究发展计划("863")资助项目(2011AA100606) 国家自然科学基金项目(31501366) 吉林省科技厅项目(20150623024TC-11) 吉林农业大学科研启动基金(2015018) 

主　　题：转录因子 转录组 MYB家族 高通量测序 黄酮 

摘      要：目的注释并分类红花Carthamus tinctorius中转录因子家族,分析其在不同组织间的表达水平差异。方法使用红花不同组织转录组测序数据组装Unigene,利用Nr数据库中转录因子信息比对并注释红花转录因子,同时对MYB转录因子家族的基因表达、蛋白保守结构域及系统发育树等内容重点分析。结果红花转录组测序数据中共获得731个转录因子,分属42个转录因子家族。MYB转录因子家族成员的表达及蛋白结构分析显示,MYB转录因子家族在花冠中表达差异显著,氨基酸序列中存在3个保守的蛋白核心结构,系统发育树分析显示聚为2类MYB亚族。结论红花MADs-box、b HLH、MYB、AP2转录因子家族成员最多,在不同组织间表达差异显著,MYB转录因子家族具有一定保守性。