基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析

作     者：杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东 DU Gaigai;SUN Peng;SUO Yujing;HAN Weijuan;DIAO Songfeng;FU Jianmin;LI Fangdong

作者机构：国家林业局泡桐研究开发中心郑州450003 中国林业科学研究院经济林研究开发中心郑州450003 

出 版 物：《中国农业大学学报》 (Journal of China Agricultural University)

年 卷 期：2017年第22卷第10期

页      面：45-55页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：青年科学基金项目(31500559) 中国林科院青年项目配套类(CAFYBB2016QB017) 河南省基础与前沿技术研究项目(152300410135) 

主　　题：柿 转录组测序 SSR标记 重复基元 SNP 

摘      要：为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以AAG/CTT类型为主的三核苷酸重复(5 402个,占12.87%)和以AAAG/CTTT类型为主的四核苷酸重复(500个,占1.19%)。在转录组得到的unigene中共发现SNP 405 685个,发生频率为1/253bp。6种单核苷酸变异中,转换类型发生频率显著高于颠换类型,转换类型中的C/T(31.51%)和A/G(31.41%)发生频率最高,在颠换类型中A/T发生频率最高。柿SSR和SNP的位点是非常丰富的,可为柿遗传图谱构建、遗传多样性和亲缘关系研究提供丰富的基础数据信息。