红豆越橘幼叶转录组高通量测序及生物信息学分析

作     者：王云生 文光琴 聂飞 Wang Yunsheng;Wen Guangqin;Nie Fei

作者机构：凯里学院环境与生命科学学院凯里556011 贵州省植物园贵阳550004 贵州省生物研究所贵阳550000 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2017年第36卷第9期

页      面：3871-3881页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：贵州省教育厅重点项目(黔教合KY字(2013)186) 贵州省科技重大专项(黔科合重大专项字(2015)6013)共同资助 

主　　题：生物信息学 红豆越橘 转录组 

摘      要：红豆越橘是一种新兴水果,具有较高的营养及食疗药用价值。本研究利用高通量测序技术对野生红豆越橘的幼叶转录组进行了测序,并对测序数据进行生物信息学分析。总共获得大约2 G的纯净数据,拼装了48 736条Unigenes。GO数据库注释到的Unigenes分别涉及到生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共43种生理代谢功能;18 728条Unigenes能被KOG数据库注释,共涉及25条代谢通路;8 321条Unigenes能被KEGG数据库成功注释,共涉及到5个功能大类、20个功能中类、123条代谢通路;30 467条Unigenes可被Nr数据库注释;21 551条Unigenes可被Swissprot数据库注释;以上4个数据库共注释到30 545条Unigenes,占全部Unigenes的62.67%;被以上4个数据库均注释到的Unigene为6 075条,占全部Unigenes的12.47%。同时,生物信息学分析还显示:全部Unigenes中,有5 197条Unigenes编码转录因子,涉及57个家族;2 747条Unigenes编码抗性基因,涉及19个家族。共检测到8 099个SSR位点,其中2碱基重复的SSR位点达5 791个,占SSR位点总数的71.52%。以上研究结果对了解红果越橘的生长发育、生理生化等分子机制,对进一步进行红豆越橘分子方面的相关研究均具有较强的参考价值。