C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列预测方法的研究进展

作     者：沈磐 杨冬 贺福初 SHEN Pan;YANG Dong;HE Fu-Chu

作者机构：军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 

出 版 物：《生物化学与生物物理进展》 (Progress In Biochemistry and Biophysics)

年 卷 期：2017年第44卷第7期

页      面：573-579页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：国家自然科学基金(31671376) 北京市科技新星计划(Z161100004916148) 国家国际科技合作专项(2014DFB30020 2014DFB30010) 国家重大科学研究计划(2015CB910700 2014CBA02001) 蛋白质组学国家重点实验室开放课题(SKLP-O201404 SKLP-O201507)资助项目~~ 

主　　题：转录因子 C2H2型锌指蛋白 靶序列预测 

摘      要：C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列仍不明确,这阻碍了C2H2型锌指蛋白的功能研究.目前,针对C2H2型锌指蛋白的靶序列预测已有一些初步的研究.本文介绍了C2H2型锌指基序与DNA结合的经典模式,并对C2H2型锌指蛋白靶序列预测方法中所用到的算法、训练集、金标准数据集及相应工具进行了全面系统的总结归纳,旨在丰富对C2H2型锌指蛋白靶序列预测原理和工具的认识,为C2H2型锌指蛋白靶序列的精确预测和更深入的功能研究打下基础.