16S rRNA基因在微生物生态学中的应用

作     者：刘驰 李家宝 芮俊鹏 安家兴 李香真 LIU Chi;LI Jiabao;RUI Junpeng;AN Jiaxing;LI Xiangzhen

作者机构：中国科学院环境与应用微生物重点实验室成都610041 环境微生物四川省重点实验室中国科学院成都生物研究所成都610041 中国科学院大学北京100049 

出 版 物：《生态学报》 (Acta Ecologica Sinica)

年 卷 期：2015年第35卷第9期

页      面：2769-2788页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 0830[工学-环境科学与工程（可授工学、理学、农学学位）] 100705[医学-微生物与生化药学] 07[理学] 071005[理学-微生物学] 0713[理学-生态学] 10[医学] 

基　　金：国家重点基础研究发展规划资助项目(2013CB733502) 国家自然科学基金资助项目(41371268,31300447) 

主　　题：16S rRNA基因 微生物群落 多样性 高通量测序 生物信息数据处理 

摘      要：16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16S rRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16S rRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准确性。对当前使用16S rRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题。