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引物应用策略：基于2对古菌16S rrna基因通用引物对环境样品古菌多样性分析

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微生物学报 2011年第4期51卷 524-531页

作者：刘国辉吴后波李翔颜文中国科学院边缘海地质重点实验室中国科学院南海海洋研究所广州510301 中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点实验室广州510301 中国科学院研究生院北京100049

【目的】找到适宜的16S rrna基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rrna基因通用引物与RDP(Ribosomal database proj... 详细信息

【目的】找到适宜的16S rrna基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rrna基因通用引物与RDP(Ribosomal database project)数据库中古菌16S rrna基因序列进行匹配比对。用两对应试引物分别构建海洋沉积物样品的古菌16S rrna基因文库。【结果】软件匹配结果显示引物f109/r958与目的基因的匹配程度高于引物f21/r958。该结果与古菌16S rrna基因文库RFLP分析、古菌多样性指数分析结果相吻合。数据还表明,2对引物的综合文库能更好满足该沉积物样品的古菌多样性分析。【结论】选用与数据库中目的基因匹配性高的通用引物和多个引物的联合使用,可以有效提高环境样品微生物多样性调查的分辨率。

关键词：古菌古菌通用引物 16S rrna基因环境样品多样性分析

基于16S rrna和RubisCO基因对嗜酸硫杆菌的系统发育及多样性

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微生物学报 2016年第4期56卷 664-679页

作者：刘敏瑞蔺朋武齐兴娥倪永清石河子大学食品学院新疆石河子832000 石河子大学生命科学学院新疆石河子832000

【目的】明确不同地理来源的Acidithiobacillus spp.种群是否表现出显著的地域性和异域物种形成;为了解微生物谱系地理、多样性维持机制和微生物分子地理学提供基础数据。【方法】采用16S r RNA基因、核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Ru... 详细信息

【目的】明确不同地理来源的Acidithiobacillus spp.种群是否表现出显著的地域性和异域物种形成;为了解微生物谱系地理、多样性维持机制和微生物分子地理学提供基础数据。【方法】采用16S r RNA基因、核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubis CO)功能基因序列同源性分析构建相应的系统发育树,分析Acidithiobacillus spp.种群的遗传多样性。【结果】从3个不同的地域分离到35株菌聚为5大类群,其中菌株YNTR4-15可能是铁氧化细菌(Leptspirillum ferrooxidans),菌株HBDY3-3被鉴定为另一铁氧化细菌(Leptospirillum ferrodiazotrophum);有4株可能是Acidithiobacillus ferrivorans;6株是Acidithiobacillus ferridurans,其余菌株均被鉴定为Acidithiobacilus ferrooxidan。对26株代表性菌株的Rubis CO I型cbb L基因和II型cbb M基因的分析,发现19株菌具有双拷贝cbb L基因,分别为cbb L1和cbb L2基因;7株菌只检测到了cbb L1。cbb L1和cbb L2基因都有3个序列型;而cbb M基因是单拷贝。Rubis CO基因的密码子偏爱性不强。【结论】分离自3个地域的菌株16S r RNA/Rubis CO基因存在序列差异,Acidithiobacillus spp.种群存在显著的遗传多样性。嗜酸硫杆菌分离菌株基于16S r RNA基因的系统发育树和Rubis CO基因的发育树不一致。

关键词： Acidithiobacillus spp. 16S rrna基因 RubisCO基因系统发育遗传多样性

rrna基因间隔区序列用于亲缘关系密切的根瘤菌种群鉴定及系统发育分析

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华南农业大学学报 2004年第4期25卷 58-62页

作者：彭桂香陈文新谭志远华南农业大学资源环境学院广东广州510642 中国农业大学生物学院北京100094 华南农业大学农学院广东广州510642

通过rrna基因内转录间隔区的碱基序列分析,对中华根瘤菌属Sinorhizobium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和中慢生根瘤菌属Mesorhizobium种间亲缘关系十分密切的菌株进行区分.结果表明,rrna基因间隔区序列能很好地区分种间亲缘关系十分密... 详细信息

通过rrna基因内转录间隔区的碱基序列分析,对中华根瘤菌属Sinorhizobium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和中慢生根瘤菌属Mesorhizobium种间亲缘关系十分密切的菌株进行区分.结果表明,rrna基因间隔区序列能很好地区分种间亲缘关系十分密切的菌株.用rrna基因间隔区序列构建的系统发育树与rrna基因序列构建的系统发育树结果十分相似.

关键词： rrna基因间隔区序列亲缘关系根瘤菌种群鉴定系统发育

前列腺组织中细菌16S rrna基因、IL-1β、TNF-α和NGF的表达

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中华男科学杂志 2010年第1期16卷 40-43页

作者：谢辉黄慧聪杨亦荣何秋香朱启建陈建欧温州医学院附属第一医院泌尿外科浙江温州325000 温州医学院基础学院浙江温州325035 附属第一医院病理科浙江温州325000

目的:探讨慢性前列腺炎(CP)的细菌学病因。方法:前列腺标本取自162例猝死于非前列腺疾病的器官捐献者,年龄20～38岁。取前列腺周围带组织,一式两份,一份做常规病理检查和白细胞介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、神经生长因子... 详细信息

目的:探讨慢性前列腺炎(CP)的细菌学病因。方法:前列腺标本取自162例猝死于非前列腺疾病的器官捐献者,年龄20～38岁。取前列腺周围带组织,一式两份,一份做常规病理检查和白细胞介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、神经生长因子(NGF)的免疫组化分析,另一份用PCR方法检测细菌16S rrna基因(16S rDNA)。结果:31.5%(51/162)的组织病理呈CP改变,其中轻度灶性间质炎44例,轻度灶性间质伴腺体周围炎5例,轻度灶性腺体周围炎2例。16S rDNA阳性率为19.1%(31/162),其中CP标本阳性率为51.0%(26/51),非CP标本阳性率为4.5%(5/111),CP标本阳性率高于非CP标本(χ2=29.783,P<0.01)。在CP标本中,16S rDNA阳性组IL-1β、TNF-α和NGF表达高于16S rDNA阴性组(P<0.01)。结论:细菌感染可能是引起CP的重要原因。

关键词：前列腺炎 16S rrna基因白细胞介素-1β 肿瘤坏死因子-α 神经生长因子

家种及野生秦艽、麻花秦艽的rrna基因间隔区PCR产物电泳图谱的初步研究

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中药材 2003年第1期26卷 11-14页

作者：姬可平刘丽莎张西玲王岚甘肃中医学院兰州730000

目的:分析甘肃不同地区家种及野生中药材秦艽Gentiana macrophylla、麻花秦艽G.straminea中提取的DNA中rrna基因内转录间隔区PCR扩增产物的电泳图谱,为秦艽、麻花秦艽等不同品种鉴别和品质评价从分子水平提供依据。方法:提取中药材家种... 详细信息

目的:分析甘肃不同地区家种及野生中药材秦艽Gentiana macrophylla、麻花秦艽G.straminea中提取的DNA中rrna基因内转录间隔区PCR扩增产物的电泳图谱,为秦艽、麻花秦艽等不同品种鉴别和品质评价从分子水平提供依据。方法:提取中药材家种及野生秦艽、麻花秦艽的核基因组DNA,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rrna基因内转录间隔序列进行nPCR扩增,扩增产物行琼脂糖凝胶电泳以得到电泳图谱并进行分析。结果:琼脂糖凝胶电泳图谱显示不同秦艽DNA中rrna基因内转录间隔区长度均在360bp左右,已具备足够的遗传信息量进行碱基序列分析。结论:不同秦艽DNA中rrna基因内转录间隔区PCR扩增产物可作为从分子水平进行鉴别的标记之一。

关键词：家种野生中药材麻花秦艽 rrna基因 PCR 电泳图谱

云南省边境地区疟原虫18S rrna基因种类鉴定与序列分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2016年第3期34卷 220-226页

作者：张苍林周红宁聂仁华刘慧王剑李春富杨亚明云南省虫媒传染病防控研究重点实验室、云南省疟疾研究中心、云南省寄生虫病防治所普洱665099

目的使用基于18S rrna基因的巢式PCR方法对云南省边境地区镜检为恶性疟和间日疟的患者血样进行鉴定,分析该地区疟原虫18S rrna基因序列之间的差异。方法 2004-2011年在云南省边境地区西双版纳勐腊、保山腾冲和德宏盈江,及缅甸那威、南... 详细信息

目的使用基于18S rrna基因的巢式PCR方法对云南省边境地区镜检为恶性疟和间日疟的患者血样进行鉴定,分析该地区疟原虫18S rrna基因序列之间的差异。方法 2004-2011年在云南省边境地区西双版纳勐腊、保山腾冲和德宏盈江,及缅甸那威、南卡江、芒东和拉咱等7个县(市)收集镜检为单一感染恶性疟原虫或间日疟原虫的全血或滤纸血样品。采用基于18S rrna基因的巢式PCR方法对所有血样进行鉴定,阳性PCR产物进行测序。所获序列进行Blastn比对。应用MEGA 6.06软件采用邻接法构建系统进化树。结果 475份镜检为恶性疟原虫(256份)和间日疟原虫(219份)感染的血样中,经18S rrna基因检测为恶性疟原虫感染的有242例,间日疟原虫感染176例和混合感染57例。镜检法和巢式PCR法检测结果一致的血样占81.7%(388/475)。两法检测不一致的血样发生频率与其原虫密度显著相关(Spearman’s r=-0.408,Prrna基因同源序列,变异位点分别占2.9%(6/205)和22.5%(27/120)。所获恶性疟原虫18S rrna基因序列与来自喀麦隆(Gen Bank登录号KC428742)等基因序列聚在一个大的分支,与来自荷兰和巴西的3个恶性疟原虫S型18S rrna基因序列(GenBank登录号U36465、U36466和U36467)的亲缘关系较远。所获间日疟原虫序列与来自泰国的间日疟原虫A型小亚单位核糖体核糖核酸(SSU r RNA)基因序列(Gen Bank登录号U07367)等聚在一支,与来自泰国的间日疟原虫C型基因序列(Gen Bank登录号U07368)等参考序列亲缘关系较远。结论镜检为单一感染的血样中,巢式PCR检出57例混合感染。云南省边境地区7个县(市)疟原虫18S rrna基因序列之间无明显差异。

关键词：恶性疟原虫间日疟原虫 18S rrna基因巢式PCR 聚类分析

rrna基因间隔区碱基测序对当归进行鉴定的研究

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中草药 2003年第1期34卷 66-69页

作者：姬可平李应东张西玲李啸红甘肃中医学院生物学教研室甘肃兰州730000 甘肃中医学院中心实验室甘肃兰州730000 甘肃中医学院中药鉴定教研室甘肃兰州730000

目的　通过 r RNA基因内转录间隔区的碱基序列测定 ,对当归进行分子水平鉴定。方法　常规提取当归种籽 DNA,利用合成的特异性引物对其 r RNA基因内转录间隔区进行套式 PCR扩增 ,将扩增产物进行碱基序列测定。结果　琼脂糖凝胶电泳证实... 详细信息

目的　通过 r RNA基因内转录间隔区的碱基序列测定 ,对当归进行分子水平鉴定。方法　常规提取当归种籽 DNA,利用合成的特异性引物对其 r RNA基因内转录间隔区进行套式 PCR扩增 ,将扩增产物进行碱基序列测定。结果　琼脂糖凝胶电泳证实当归种籽中 r RNA基因内转录间隔区 PCR扩增产物存在 ;经测序后得到了当归种籽 r RNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论　 r RNA基因内转录间隔区的碱基序列测定可做为分子水平鉴定植物性中药材的又一有效途径。

关键词：当归套式PCR DNA测序 rrna基因分子鉴定

基于三代测序技术对中药灵芝和食用菌rrna基因及其基因间序列的鉴定研究

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上海中医药大学学报 2022年第6期36卷 5-12页

作者：张韦唯袁育红戈雅倩朱彦蓉赵解南孙建鹤黄林佳胡泽华许嘉豪郭琳婷高宇峰张益辉王燕萍黄钢王毅兴戴方平江苏中方基因生物医学科技有限公司江苏南通226126 南通大学附属海门医院江苏南通226121 安徽中医药大学安徽合肥230012 江西中医药大学江西南昌330004 上海健康医学院上海200237 同济大学附属东方医院上海200120 长三角药学高等工程学院江苏南通226126

目的:基于三代PacBio测序技术,建立中药灵芝和食用菌rrna 18S-ITS-28S全长序列文库,从分子水平快速、准确鉴定和研究品种。方法:对收集到的8种食用菌和1种中药材真菌灵芝抽提基因组DNA,设计引物扩增18S-ITS-28S全长序列,18S-ITS-28S全... 详细信息

目的:基于三代PacBio测序技术,建立中药灵芝和食用菌rrna 18S-ITS-28S全长序列文库,从分子水平快速、准确鉴定和研究品种。方法:对收集到的8种食用菌和1种中药材真菌灵芝抽提基因组DNA,设计引物扩增18S-ITS-28S全长序列,18S-ITS-28S全长序列包括连续且完整的18S rrna-ITS1-5.8S rrna-ITS2和28S rrna部分序列,其总长度>3.3 kb。将18S-ITS-28S全长序列进行建库和三代PacBio测序。结果:食用菌和药用灵芝的18S rrna、5.8S rrna及部分28S rrna基因序列相似度高且序列保守,而rrna基因间(ITS1和ITS2)的序列差异性大。结论:本研究的结果提示,分析rrna基因间(ITSs)区域,而不是仅仅分析rrna基因,有助于真菌类中药材的鉴定和研究。

关键词：灵芝食用菌 rrna基因测序分析鉴定

胶东地区非综合征型耳聋患者GJB2、SLC26A4、GJB3和12S rrna基因的突变分析

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中华医学遗传学杂志 2019年第5期36卷 433-438页

作者：孙诗雨牛琳媛田进军陈威李艳娜夏宁宁鞠彩宁陈小丽张春晓蓝信强青岛大学附属威海市立第二医院(威海市妇幼保健院)医学遗传科山东264200 青岛大学附属威海市立第二医院(威海市妇幼保健院)设备科山东264200 青岛大学附属威海市立第二医院(威海市妇幼保健院)乳腺外科山东264200 青岛大学附属威海市立第二医院(威海市妇幼保健院)药剂科山东264200

目的调查胶东地区非综合征型耳聋患者4种常见致病基因(GJB2、SLC26A4、GJB3和12S rrna)的突变特征.方法采集2015年1月至2017年9月威海市妇幼保健院门诊的420例耳聋患者的外周血,应用基因芯片对患者GJB2基因c.235delC、c.299-300delAT... 详细信息

目的调查胶东地区非综合征型耳聋患者4种常见致病基因(GJB2、SLC26A4、GJB3和12S rrna)的突变特征.方法采集2015年1月至2017年9月威海市妇幼保健院门诊的420例耳聋患者的外周血,应用基因芯片对患者GJB2基因c.235delC、c.299-300delAT、c.35delG和c.176del16位点,GJB3基因c.538C>T位点,SLC26A4基因c.2168A>G和c.IVS7-2A>G位点,线粒体12S rrna基因c.1555A>C和c.1494C>T位点进行检测,对杂合突变耳聋患者进行基因全编码区测序.结果共发现GJB2基因突变者84例(20.00%,84/420),其中c.235delC(16.43%)和c.299-300delAT(7.86%)是主要突变位点.SLC26A4基因突变者75例(17.86%,75/420),主要突变位点为c.IVS7-2A> G(15.71%),有5.95%患者是由线粒体12S rrna突变引起,并有1例患者致病基因与GJB3c.538C>T位点相关.结论胶东地区非综合征型耳聋疾病患者主要致病基因位点为GJB2 c.235delC和SLC26A4 c.IVS7-2A>G.此外,线粒体12S rrna c.1555A>C突变者的比例较中国其他地区高.

关键词：非综合征型耳聋耳聋基因芯片 Sanger测序 GJB2基因 SLC26A4基因 GJB3基因 12S rrna基因