基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析

作     者：杜凤凤 刘晓静 常雅军 李乃伟 李丕睿 姚东瑞 DU Fengfeng;LIU Xiaojing;CHANG Yajun;LI Naiwei;LI Pirui;YAO Dongrui

作者机构：江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园)江苏南京210014 

出 版 物：《植物资源与环境学报》 (Journal of Plant Resources and Environment)

年 卷 期：2016年第25卷第1期

页      面：9-16页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071001[理学-植物学] 090706[农学-园林植物与观赏园艺] 0907[农学-林学] 07[理学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31400604) 江苏省自然科学基金资助项目(BK20151370) 国家海洋公益性行业科研专项(201505023-4) 江苏省中国科学院植物研究所基金资助项目(SQ201403) 

主　　题：荷花品种 SSR标记 遗传多样性 UPGMA聚类分析 群体结构分析 主坐标分析(PCo A) 

摘      要：采用SSR标记技术对42个荷花品种（Nelumbo spp.）的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析（PCo A）。结果表明：采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明：组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明：在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明：Ⅰ组包含美洲黄莲（*** Pers.）品种‘艾江南’,且与传统中国莲（*** Gaertn.）品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。