毛细管电泳与MFOLD软件研究单链脱氧核糖核酸分离二级结构

作     者：贾海 王荣 贾正平 陈巧云 谢华 马骏 敖燕 Jia Hai;Wang Rong;Jia Zheng-Ping;Cheng Qiao-Yun;Xie Hua;Ma Jun;Ao Yan

作者机构：兰州730000 兰州军区兰州总医院药剂科 兰州军区兰州总医院药剂科 兰州730050 兰州大学药学院 甘肃省人民医院药剂科 

出 版 物：《分析化学》 (Chinese Journal of Analytical Chemistry)

年 卷 期：2007年第35卷第9期

页      面：1347-1350页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：甘肃省自然科学基金(No.ZS031-A25-70-E) 中国博士后基金(No.2005027576) 全军“十一五”医药科研(No.06MB096)资助 

主　　题：毛细管电泳 单链构象多态性 二级结构预测软件 

摘      要：从Gene Bank数据库中下载质粒基因序列,用DNAssist软件分析并最终建立了单点碱基突变模型,并以此为研究对象对单链DNA分离机理进行研究探讨。采用高效毛细管电泳-激光诱导荧光检测(CE-LIF)方法,以线性聚丙烯酸胺为筛分介质对模型进行分离分析,并与MFOLD软件所预测的单链二级结构进行对照分析。分离条件为:线性聚丙烯酸胺浓度为6%,负极进样,13kV分离,温度为19℃,λem=488nm、λex=520nm。结果发现毛细管电泳实际分析结果有4个单链峰,而MFOLD软件预测的只有3种二级结构,预测的准确度为75%,MFOLD软件虽然有局限性,但预测DNA二级结构仍有一定的参考价值。