基于基因组重测序开发橙白耳包革（金耳菌）菌株的鉴别标记

作     者：沈真辉 杨林雷 曹瑶 罗祥英 杨爱霞 陆青青 子灵山 李荣春 

作者机构：云南菌视界生物科技有限公司 云南省级(珍稀食用菌)企业工程技术中心 云南省张劲松专家工作站 云南(昆明)张劲松药用真菌专家工作站 

出 版 物：《菌物学报》 (Mycosystema)

年 卷 期：2025年

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071001[理学-植物学] 07[理学] 

基　　金：云南省张劲松专家工作站(202305AF150084) 云南昆明张劲松药用真菌专家工作站(YSZJGZZ-2022043) 

主　　题：金耳菌 单孢 重测序 插入缺失 单核苷酸多态性 

摘      要：以橙白耳包革(以下简称“金耳菌)单孢菌株NX-20基因组为参考基因组，以4个不同交配型单孢菌株D13、D25、D40和D47基因组重测序数据为研究对象，利用生物信息学软件鉴定出大量的SNP和InDel变异位点并分析其特征。使用primer5.0软件设计SNP/InDel标记引物，筛选存在多态性差异的8对SNP和6对InDel标记引物对我国金耳栽培产业中广泛使用的14个金耳菌菌株进行遗传多样性分析。SNP标记分析结果显示，J2F1菌株在8对SNP引物中均形成2种基因型，其他菌株仅有一种基因型。6对InDel标记引物分析结果显示，J2F1菌株在第1、2及第5对引物中能扩增出不同于其他菌株的条带，大部分菌株能扩增出一致的条带(如YL、YR、JB、LL及SC等菌株)，显示出同种异名现象。本研究结果对我国金耳菌栽培种质资源的遗传多样性有了比较明确的认识，所获得的SNP和InDel标记可进一步用于金耳菌遗传分析，为金耳菌遗传多样性、种质资源鉴定和保护及分子辅助育种等研究助力。