单细胞精度的表达数量性状位点研究进展

作     者：徐晓鹏 范小英 Xiaopeng Xu;Xiaoying Fan

作者机构：广州国家实验室基础研究部广州510005 广州医科大学-中国科学院广州生物医药与健康研究院联合生命科学学院广州511436 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2024年第46卷第10期

页      面：795-806页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(编号:82202047) 珠江青年人才计划(编号:2021QN02Y747) 广州国家实验室专项项目(编号:GZNL2024A03001)资助 

主　　题：表达数量性状位点 全基因组关联研究 单细胞转录组测序 调控元件 细胞类型特异性 

摘      要：表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。