五爪金龙叶绿体基因组特征分析

作     者：黄琼林 陈依虹 叶晓霞 谭靖怡 梁秋婷 吴民华 

作者机构：广东医科大学基础医学院 广东医科大学第一临床医学院 广东医科大学药学院 

出 版 物：《广西科学》 (Guangxi Sciences)

年 卷 期：2024年第3期

页      面：451-458页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：广东省基础与应用基础研究基金项目(2018A030310116) 广东省大学生创新创业训练计划项目(S202310571113) 广东医科大学大学生创新创业训练计划项目(GDMU2022113,GDMU2022125)资助 

主　　题：五爪金龙 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统进化关系 

摘      要：为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析。结果显示,五爪金龙叶绿体基因组为环状双链四分体分子,全长161 780 bp,由88 205 bp的大单拷贝区(Large Single Copy,LSC)、30 747 bp的反向重复区(Inverted Repeat,IR)A、12 081 bp的小单拷贝区(Small Single Copy,SSC)和30 747 bp的反向重复区B(IRB)排列而成,含有131个基因;共有28 757个密码子,偏好使用以A或T结尾的密码子;存在67个简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),并以A/T单核苷酸重复居多。五爪金龙与近缘植物在IRB-SSC边界之间存在较为明显的变异,与同属三裂叶薯***、番薯***等的亲缘关系更近。本研究报道了五爪金龙叶绿体基因组的结构和序列组成,并分析其特征,为五爪金龙的物种鉴定、遗传进化及开发利用提供了基因组信息。