基于全基因组重测序分析坝上长尾鸡遗传多样性与保种效果

作     者：张夕霏 葛华梁 赵然 钱治民 任敏鹏 王彩彤 张传生 耿立英 李祥龙 

作者机构：河北科技师范学院动物科技学院河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室 

出 版 物：《中国畜牧杂志》 (Chinese Journal of Animal Science)

年 卷 期：2024年

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：河北省鸡现代种业科技创新团队优质特色燕山红玉肉鸡种质创制(21326303D-5) 河北省现代农业产业技术体系蛋肉鸡创新团队遗传资源开发与利用岗位专家项目(HBCT2018150201) 省属高校基本科研业务费优秀创新团队建设项目(2021JK15) 

主　　题：坝上长尾鸡 全基因组重测序 遗传多样性 

摘      要：本研究旨在通过全基因组重测序技术分析坝上长尾鸡群体遗传多样性，评估其保种效果，以更好地保护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异，通过群体遗传多样性、连续纯合子片段（Runs of homozygosity，ROH）分布特征及连续不平衡衰减分析，对坝上长尾鸡保种效果进行综合评估。结果显示，37只坝上长尾鸡个体共检测到11 382 746个高质量SNPs位点，平均观察杂合度为0.410±0.208，平均期望杂合度为0.344±0.130，与巴布考克B380相比，坝上长尾鸡群体基因组内连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）程度较低且遗传多样性较为丰富（P0.001）。坝上长尾鸡群体平均状态同源（Identity by State，IBS）遗传距离为0.755，亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致，均显示坝上长尾鸡部分个体间亲缘关系较近（P0.001）；与巴布考克B380相比，坝上长尾鸡个体间平均遗传距离较大（P0.001）。37只坝上长尾鸡个体共检测到7 002个基因组ROH，ROH平均长度为0.47 Mb，基于ROH的平均近交系数为0.458，表明坝上长尾鸡个体间存在一定程度的近交积累。本研究表明，与巴布考克B380相比，坝上长尾鸡群体遗传多样性较为丰富，但个体间存在近交风险，应加强选配以确保坝上长尾鸡品种资源的可持续性发展。