SSCP在寡核苷酸适配子ssDNA多克隆筛选中的应用

作     者：祝军 汪丽 张景海 ZHU Jun;Wang Li;ZHANG Jing-hai

作者机构：沈阳药科大学生命科学与生物制药学院辽宁沈阳110016 

出 版 物：《沈阳药科大学学报》 (Journal of Shenyang Pharmaceutical University)

年 卷 期：2008年第25卷第5期

页      面：409-413页

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

主　　题：单链构象多态性技术(sscP) 指数级富集的配体系统进化(SELEX) 寡核苷酸适配子 多克隆 测序 

摘      要：目的利用单链构象多态性技术弥补SELEX(systematic evolution of ligands by exponential en-richment,SELEX)实验在寡核苷酸适配子克隆、测序环节中的不足,减少SELEX实验的环节。方法利用单链构象多态性技术(singel-strand conformation polymorphism,SSCP)将多轮SELEX筛选的198个寡核苷酸适配子克隆在测序前进行SSCP筛查。结果对198个克隆的SSCP电泳条带位置分析,挑选出58个克隆测序。SSCP筛查得到有效克隆的检出率为20.69%,是不用SSCP筛查检出率6.07%的3.4倍;如果去除组间误差,有效克隆的检出率44.44%是不用SSCP筛查检出率的7.32倍。结论通过对198个克隆的20批次SSCP电泳筛查,并经58个克隆测序后的实验结果证明:同一SSCP电泳胶片上电泳条带泳动位置相同的克隆片段,基因序列相同;电泳条带泳动位置不同的片段,基因序列不同。根据SSCP电泳条带泳动位置,挑选有代表性的克隆测序,避免对多克隆盲目测序,为多克隆测序前的筛查探索一条新的途径。