裂殖酵母复制起始位点的序列特征分析和预测

作     者：邢永强 赵宏宇 刘国庆 赵秀娟 蔡禄 XING Yongqiang;ZHAO Hongyu;LIU Guoqing;ZHAO Xiujuan;CAI Lu

作者机构：内蒙古科技大学数理与生物工程学院包头014010 内蒙古科技大学生物工程与技术研究所包头014010 

出 版 物：《生物物理学报》 (Acta Biophysica Sinica)

年 卷 期：2014年第30卷第6期

页      面：463-472页

核心收录：

学科分类：071011[理学-生物物理学] 0710[理学-生物学] 07[理学] 

基　　金：内蒙古自然科学基金项目(2014MS0312 2013MS0514) 国家自然科学基金项目(61271448 61361014 61102162)~~ 

主　　题：DNA复制 k-mer 结构参数 支持向量机 

摘      要：DNA的精确复制是保证基因组完整性的关键。裂殖酵母是研究真核生物DNA复制等基因表达调控过程的重要模式生物。作者统计分析了裂殖酵母复制起始区的碱基组分、k-mer（k=2~4）频数、GC/AT位点偏差和GC/AT位点组分。结果发现：复制起始区的AT含量显著高于非复制起始区,且富含WW（W为A或T）二联体,而非复制起始区富含SS（S为G或C）二联体;复制起始区和非复制起始区的GC/AT位点偏差、GC/AT位点组分也存在显著差异。另外,作者仅基于DNA序列或结构特征,使用支持向量机区分了裂殖酵母复制起始区和非复制起始区,预测总精度约70%。表明DNA序列对裂殖酵母的复制起始有重要影响。该研究对进一步阐明真核生物的复制机制有重要的理论意义。