基于山羊肌内前体脂肪细胞RNA-seq数据的新基因发掘与分析

作     者：王友利 王永 李志雄 李艳艳 朱江江 熊燕 林亚秋 WANG You-li;WANG Yong;LI Zhi-xiong;LI Yan-yan;ZHU Jiang-jiang;XIONG Yan;LIN Ya-qiu

作者机构：青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川成都610041 青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省重点实验室四川成都610041 西南民族大学生畜牧兽医学院四川成都610041 

出 版 物：《西南民族大学学报（自然科学版）》 (Journal of Southwest Minzu University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2024年第50卷第4期

页      面：376-381页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(32072723,82002817,31902154) 西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金项目(ZYN2022109) 

主　　题：山羊基因组 肌内脂肪前体细胞 转录组测序 新基因 

摘      要：为挖掘山羊(Capra hircus)肌内前体脂肪细胞分化前后的新基因并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析.利用转录组测序(Transcriptome sequencing,RNA-seq)技术对山羊肌内前体脂肪细胞分化前后的两组细胞cDNA样品(n=3)进行高通量测序,有效数据与山羊参考基因组比对后利用StringTie软件组装新基因.基于|log2foldchange|0和P-adj0.05筛选获得差异表达新基因,并利用clusterProfiler R包针对GO和KEGG数据库对新基因进行GO功能及KEGG通路注释.结果表明,组装获得的201个新基因可定位在山羊29对常染色体上,且在染色体2、3、5、11、18和29上定位富集.山羊肌内脂肪细胞分化前后表达上调的新基因共28个,表达下调的新基因共57个.在GO功能富集方面,共21个新基因注释到277个GO功能亚类中,其中GO功能条目中参与生物过程、细胞组成和分子功能的基因分别占73.65%、3.97%和22.38%,且3个条目中显著富集的GO功能亚类分别与代谢功能、病毒组装和分子结合相关.此外,共21个新基因富集到16条KEGG通路中,其中氨基酸生物合成通路富集的新基因最多,为3个.研究结果挖掘了山羊肌内脂肪细胞分化前后的新基因201个,为揭示山羊肌内前体脂肪细胞分化相关的新基因并进一步完善山羊功能基因组提供基础数据.