黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组全序列分析及系统进化

作     者：陈云霞 黄娅琳 侯森林 周用武 CHEN Yunxia;HUANG Yalin;HOU Senlin;ZHOU Yongwu

作者机构：南京警察学院刑事科学技术学院南京210023 南京警察学院野生动植物物证技术国家林业和草原局重点实验室南京210023 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2024年第43卷第6期

页      面：1066-1077页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：江苏高校“青蓝工程”(2021) “十四五”江苏省重点学科“公安技术”(2022) 野生动植物物证技术国家林业和草原局重点实验室项目共同资助 

主　　题：黄颈亚马逊鹦鹉 线粒体基因组 结构特征 系统进化 

摘      要：黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ监管物种。为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位,本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组序列,全长18679 bp,并针对全序列进行了结构分析。结果表明,黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组中碱基含量具有明显的AT偏好性,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA编码基因和2个rRNA编码基因,除了nad6在L链上以外,其他的蛋白编码基因都在H链上。黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组有基因重叠现象且排列紧密,重叠序列长度范围从1 bp到6 bp,总长度共17 bp,共计8处;基因间隔序列的长度范围从1 bp到40 bp,总长度共154 bp,共计24处,有7处基因排列无间隙。基于线粒体基因序列分析发现,除了tRNA中trnC、trnF、trnG和trnH缺少反密码子环,trnP和trnQ缺少TΨC环,trnL-Ⅰ、trnS-Ⅱ和trnW呈短棒状,其他tRNA具有经典的三叶草二级结构。采用最大似然法(maximum likelihood method,ML)和近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)对40种鹦形目物种线粒体全基因组序列构建系统进化树,结果表明黄颈亚马逊鹦鹉与黄冠亚马逊鹦鹉(Amazona ochrocephala)的亲缘关系最近。