不同休眠时期珠芽魔芋球茎转录组SSR和SNP位点信息分析

作     者：王天喜 王蕊嘉 张利娜 谢雨琪 吴学尉 张达 郑莉 Wang Tianxi;Wang Ruijia;Zhang Lina;Xie Yuqi;Wu Xuewei;Zhang Da;Zheng Li

作者机构：云南大学农学院昆明650504 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第15期

页      面：5007-5013页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：云南省科技厅科技计划项目(202004AC10001-A06,202102AE090001) 云南大学研究生科研创新基金项目(2020320)共同资助 

主　　题：珠芽魔芋 休眠时期 转录组 SSR SNP 

摘      要：为了解珠芽魔芋球茎转录组中SSR以及SNP的具体情况,对珠芽魔芋不同休眠时期(休眠期,萌动期,萌芽期)的球茎进行转录组测序,利用MISA和Varscan程序对测序得到的unigene进行分析,筛选并识别出SSR和SNP位点。结果显示,从珠芽魔芋292 086条unigene中发现52 324个SSR位点和807 836个SNP位点,SSR位点的出现频率为17.91%;单核苷酸(33.97%)、二核苷酸(47.83%)和三核苷酸(16.77%)重复占比较高,6~11次的重复占65.71%;重复基元共130种,其中二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元类型,占总SSR的30.64%;基元长度在10~20 bp的SSR占80.33%;SNP变换类型中转换(523 617个)远高于颠换(284 219个)。本研究从珠芽魔芋球茎转录组测序结果中挖掘到大量的SSR和SNP位点,为珠芽魔芋的球茎休眠及解除、分子辅助育种等提供一定的科学数据。