奥沙利铂对人结肠癌细胞转录表达谱的分析

作     者：张书婧 周庆红 刘英华 张静 钱智勇 ZHANG Shu-jing;ZHOU Qing-hong;LIU Ying-hua;ZHANG Jing;QIAN Zhi-yong

作者机构：天津市疾病预防控制中心毒理室天津300011 

出 版 物：《环境与健康杂志》 (Journal of Environment and Health)

年 卷 期：2024年第41卷第3期

页      面：195-201页

学科分类：07[理学] 0713[理学-生态学] 

基　　金：天津市自然基金应用基础研究多元投入青年项目(21JCQNJC01810) 

主　　题：结肠癌 奥沙利铂 RNA-seq 生物信息学 

摘      要：目的探讨奥沙利铂(oxaliplatin,OXA)对人结肠癌(SW620)细胞转录表达谱的影响。方法采用CCK-8试验观察终浓度为0(对照)、4、8、16、32、64、100、128 mg/L OXA暴露24 h对SW620细胞的增殖抑制作用,计算半抑制浓度(IC_(50))值(64 mg/L)作为转录组测序的剂量浓度。采用RNA-seq方法进行转录组测序,筛选差异表达基因,进行GO富集分析、KEEG富集分析、PPI网络构建,探讨OXA的肿瘤增殖抑制作用可能涉及的差异基因、信号通路和生物学过程。结果与对照组比较,16、32、64、100、128 mg/L OXA暴露组SW620细胞的存活率均下降,差异有统计学意义(P0.05);且随着OXA暴露浓度的升高,SW620细胞存活率呈现下降趋势。与对照组比较,OXA组差异表达基因8187个,其中上调基因2114个,下调基因6073个。GO富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在Wnt信号通路、蛋白质丝氨酸-苏氨酸激酶活力、蛋白激酶活力、蛋白质磷酸化等过程。KEEG富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在黏着连接、胞吞作用、癌症中的蛋白聚糖、癌症途径、Wnt信号通路等途径。通过PPI网络构建,MCODE和CytoHubba算法筛选出10个hub基因,分别为UQCRQ、NDUFA1、ATP5IF1、UQCR11、COX6A1、COX7A2、COX7B、NDUFA6、NDUFA4、COX8A。结论OXA对人结肠癌细胞SW620的增殖抑制作用可能与其调节细胞线粒体呼吸链及氧化磷酸化相关。