基于GEO数据库光损伤性皮肤病的生物信息学分析

作     者：董俊娟 都日娜 刘贺磊 赵鹏伟 高耀星 DONG Junjuan;Durina;LIU Helei;ZHAO Pengwei;GAO Yaoxing

作者机构：内蒙古医科大学呼和浩特010059 内蒙古自治区国际蒙医医院皮肤科呼和浩特010050 

出 版 物：《内蒙古医学杂志》 (Inner Mongolia Medical Journal)

年 卷 期：2024年第56卷第1期

页      面：11-17页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100206[医学-皮肤病与性病学] 10[医学] 

主　　题：紫外线 皮肤表皮细胞 差异表达基因 生物信息分析 

摘      要：目的通过对紫外线照射后人皮肤表皮细胞基因芯片的生物信息学分析,获得光损伤性皮肤病的关键基因,探索其发病机制。方法从GEO数据库中获取2个紫外线照射后人皮肤表皮细胞株HaCat的基因芯片数据集,第一个基因芯片数据集采用R软件筛选出显著性差异表达基因(DEGs),进行GO分析和KEGG通路分析,另一个基因芯片数据集也采用同样的方法筛选出DEGs,将两者DEGs取交集,进行GO分析和KEGG通路分析,最后构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),通过筛选,获得紫外线损伤HaCat的关键基因。结果GSE198792筛选获得的DEGs有486个(上调246个、下调240个),GSE138800筛选获得的DEGs有90个(上调33个、下调57个)。两者取交集筛选获得20个基因。GO分析显示这些差异表达基因主要与蛋白质转运、表皮生长因子受体信号通路的调控、I型干扰素信号通路的负调控以及对病毒的防御有关,KEGG通路主要与磷酸戊糖途径相关。筛选出了ISG15、IFI6、TKT、LAP3、SAMHD1、BAG3、ALDOC 7个关键基因。结论通过生物信息学分析筛选出紫外线对人皮肤表皮细胞作用的关键基因,预测其在紫外线损伤皮肤中具有重要作用,研究为防治光损伤性皮肤病提供了新思路。