利用小RNA深度测序技术鉴定西瓜病毒病病原

作     者：杜江 马振男 王晨燕 崔丽艳 王德富 牛颜冰 DU Jiang;MA Zhennan;WANG Chenyan;CUI Liyan;WANG Defu;NIU Yanbing

作者机构：山西农业大学生命科学学院太谷030801 山西农业大学草业学院太谷030801 

出 版 物：《植物病理学报》 (Acta Phytopathologica Sinica)

年 卷 期：2024年第54卷第1期

页      面：69-81页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 

基　　金：山西省高等学校科技创新项目(2021L172) 山西农业大学科技创新基金项目(2020BQ51) 山西省基础研究计划(自由探索类)(20210302124676) 国家现代农业产业技术体系资助(CARS-21) 

主　　题：西瓜 病毒 黄瓜绿斑驳花叶病毒 西瓜皱叶病毒2号 瓜类蚜传黄化病毒 甜瓜潜隐病毒 西瓜病毒A 

摘      要：西瓜是一种重要的园艺植物,近年来饱受病毒病危害。为明确西瓜病毒病害病原,对采自山西太谷区表现花叶、皱缩等症状的西瓜叶片进行小RNA深度测序,同时利用RT-PCR的方法并结合生物信息学的手段,综合分析造成西瓜花叶、皱缩症状的病毒病原。结果表明,表现皱缩、花叶症状的西瓜样品被瓜类蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)、甜瓜潜隐病毒(cucumis melo cryptic virus,CmCV)、西瓜病毒A(watermelon virus A,WVA)、西瓜皱叶病毒2号(watermelon crinkle leaf-associated virus 2,WCLaV2)和黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)5种病毒复合侵染。利用RT-PCR的方法分别扩增获得5种病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列,进一步通过序列一致率分析和系统进化分析发现,本研究获得的西瓜CABYV分离物CABYV-SXJZ(GenBank登录号:OP957280)核苷酸序列与中国南瓜CABYV分离物Inner Mongolia(GenBank登录号:EU262627)的核苷酸序列一致率最高,达到100%;西瓜WVA分离物WVA-SXJZ(GenBank登录号:OP957281)核苷酸序列与同样来自中国瓠瓜WVA分离物WVA-Huizhou(Gen-Bank登录号:MK292710)和西瓜WVA分离物WVA-KF15(GenBank登录号:KY363796)核苷酸序列一致率最高,分别达到93.6%%和99.9%;WCLaV2分离物WCLaV2-SXJZ(GenBank登录号:OP957282)核苷酸序列与WCLaV2巴西西瓜分离物Ju-01(GenBank登录号:LC636075)核苷酸序列一致率最高,达到99.6%;本研究首次从西瓜上获得的CmCV分离物Cm-CV-SXJZ(GenBank登录号:OP957283)核苷酸序列与中国甜瓜分离物CmCV-HLJ(GenBank登录号:MH479773)的核苷酸一致率高达99.9%;本研究获得的CGMMV分离物CGMMV-SXJZ(GenBank登录号:OP957284)核苷酸序列与CGMMV分离物GDLZ(GenBank登录号:MK933286)、CG038(GenBank登录号:MH271443)、CGMMV-pXT1(GenBank登录号:KY753929)、eWT(GenBank登录号:KY753928)、C284R(GenBank登录号:KY753927)、CGMMV-XG(GenBank登录号:KP868654)、JD2(GenBank登录号:KM873785)和Anhui(GenBank登录号:KT236095)核苷酸序列一致率最高,均达到99.8%。