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2种单组份双生病毒与异源卫星DNA的互作

植物病理学报 2010年第2期40卷 159-164页

作者：青玲牛颜冰西南大学植物保护学院植物病害生物学重庆市高校级重点实验室重庆400716 山西农业大学太谷030801

烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus,TbCSV)Y35分离物(Y35)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV)Y10分离物(Y10)是从云南烟草上分离的2种单组份双生病毒,分别伴随卫星DNAβ(Y35β及Y10β)分子。将Y35和Y10分别伴随其同源或异源卫星(Y35β或Y10β)接种本氏烟和心叶烟,症状观察表明,无论Y10还是Y35伴随异源卫星DNAβ时引起的症状均与其伴随同源DNAβ引起的症状明显不同,且Y10β伴随Y35致病性最强。Southern印迹结果表明,Y10β及Y35β均可被异源辅助病毒稳定复制,但其复制水平明显低于伴随同源病毒时的水平,且植株中病毒和卫星的积累量并不完全与症状严重程度直接相关。

关键词：烟草曲茎病毒中国番茄黄化曲叶病毒卫星DNA 症状复制

烟草曲茎病毒Y128分离物及伴随卫星的分子鉴定

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微生物学通报 2005年第5期32卷 82-86页

作者：青玲牛颜冰西南大学植保学院重庆400716 山西农业大学生命科学学院太谷030801

从云南保山田间表现曲叶症状的烟草植株上分离到病毒分离物Y128,病株在实验室可经烟粉虱(Bemisiatabaci)传播到健康烟草上。分别用针对烟草曲茎病毒(TbCSV)、云南烟草曲叶病毒(TLCYNV)、中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)及泰国番茄黄化曲... 详细信息

从云南保山田间表现曲叶症状的烟草植株上分离到病毒分离物Y128,病株在实验室可经烟粉虱(Bemisiatabaci)传播到健康烟草上。分别用针对烟草曲茎病毒(TbCSV)、云南烟草曲叶病毒(TLCYNV)、中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)及泰国番茄黄化曲叶病毒(TYLCTHV)等田间常复合侵染的云南粉虱传双生病毒的特异性引物对Y128DNA-A进行PCR扩增,结果表明Y128是烟草曲茎病毒(TbCSV)的1个分离物。利用DNAβ的特异性引物β01和β02,在Y128中扩增到卫星DNA分子(Y128β)。对Y128进行DNAβ全序列测定及分析表明,Y128β全长1350个核苷酸,其互补链上编码1个有功能的ORF(βC1)。Y128β的全序列与TbCSV各个分离物的卫星分子(Y2β、Y35β和Y115β)的同源性最高,分别为85·2%、94·3%和88%;与其它已报道的卫星DNAβ的同源性均低于56·1%。

关键词：烟草曲茎病毒卫星DNAβ 菜豆金色花叶病毒属粉虱传双生病毒

基于小RNA深度测序和RT-PCR鉴定鹅绒藤花叶病的病毒病原

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草业科学 2024年第10期41卷 2229-2239页

作者：杜江马振男王德富牛颜冰山西农业大学生命科学学院山西晋中030801

鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病... 详细信息

鹅绒藤(Cynanchum chinense)是一种传统中药,为明确造成鹅绒藤叶片花叶症状的原因,本研究采用小RNA深度测序技术结合RT-PCR的方法鉴定引起山西太谷鹅绒藤病毒花叶症状的病原,并通过生物信息学的手段对病毒序列进行分析。结果表明,发病鹅绒藤样品经小RNA深度测序技术共获得15039334个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示病原为苜蓿花叶病毒(AMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)。利用特异引物克隆了AMV和CMV的外壳蛋白(CP)和移动蛋白(MP)基因全序列,分别命名为AMV-BR和CMV-BR。通过序列比对分析,发现AMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)、Dich-rep(MW835989)和VIC-320(MF075254)的相似性均达到100%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与AMV分离物AMV-Gyn(MH332899)的相似性最高,均为99.3%。CMV-BR CP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组ⅠA中CMV分离物YA17(MH119159)的相似性最高,分别为100%和99.1%;MP氨基酸序列和核苷酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物PV-0185(ON013887)的相似性最高,分别为98.2%和96.4%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BR属于CMV亚组Ⅰ中的成员。这是首次在山西鹅绒藤上检测到AMV和CMV,该研究有助于深入了解AMV、CMV的分子进化,也为鹅绒藤病毒病的防治提供一定的理论依据。

关键词：鹅绒藤黄瓜花叶病毒苜蓿花叶病毒小RNA深度测序

仿生树叶模型的制作及在琼脂糖微流控芯片中的应用

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高等学校化学学报 2022年第11期43卷 53-58页

作者：王方圆张奋娴李毅高建华牛颜冰申少斐山西农业大学生命科学学院中兽医药现代化山西省重点实验室太谷030801

树叶的脉序可以更好模拟人体血管微环境,但以自然环境中树叶为模板进行实验存在一定的季节局限性;且不能保证每次实验所用树叶脉序形状相同,不易控制变量,且会对环境造成一定破坏.本文建立了一种简易的仿生树叶模型制作方法,并通过仿生... 详细信息

树叶的脉序可以更好模拟人体血管微环境,但以自然环境中树叶为模板进行实验存在一定的季节局限性;且不能保证每次实验所用树叶脉序形状相同,不易控制变量,且会对环境造成一定破坏.本文建立了一种简易的仿生树叶模型制作方法,并通过仿生模型构建了经济、易操作的琼脂糖微流控芯片.分别测定了芯片的一、二、三级脉序数目及尺寸,最大脉序尺寸值可达1038.02μm,最小脉序尺寸为36.32μm,宽度不一的通道构建为细菌趋化性实验提供了稳定可靠的梯度空间,对探索药物筛选、微生物利害等研究具有重要意义.

关键词：仿生微流控芯片趋化性

油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析

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植物病理学报 2016年第5期46卷 598-604页

作者：王德富张西梅杨锋牛颜冰山西农业大学生命科学学院太谷030801 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

采用双链RNA（double-stranded RNA,dsRNA）技术和非序列依赖PCR扩增（sequence-independent amplification,SIA）方法对感病地黄进行分子鉴定,并测定油菜花叶病毒（Youcai mosaic virus,YoMV）山西地黄分离物（YoMV-SX）的基因组全序列。序列测定及分析发现侵染地黄的病毒为油菜花叶病毒（Youcai mosaic virus,YoMV）。获得YoMV-SX（Gen Bank登录号JX422022）全长为6 304 nt,5＇UTR长度为68 nt,3＇UTR长度为236 nt,含有4个开放阅读框（open reading frame,ORF）。全序列核苷酸一致性分析显示Yo M V-SX与Tobamovirus亚组Ⅲ中分离物的一致性为90.7%-96.0%,与同属亚组Ⅰ和Ⅱ的一致性仅为50.2%-63.3%。全序列系统进化分析表明,YoMV-SX与YoMV-Wh形成一个独立分支,亲缘关系最近。这是YoMV侵染地黄的首次报道。

关键词：油菜花叶病毒地黄序列分析

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RNA沉默机制及其抗病毒应用

中国生物工程杂志 2004年第2期24卷 76-79页

作者：牛颜冰青玲周雪平浙江大学生物技术研究所杭州310029

RNA沉默是发生在植物 (转录后基因沉默或共抑制 )、动物 (RNA干扰 )和真菌 (消除作用 )等真核生物细胞中的一种对外源遗传因子 (转座子、转基因或病毒 )的特异性和高效率的降解机制。随着对植物病毒分子遗传学认识的加深和对寄主防御系... 详细信息

RNA沉默是发生在植物 (转录后基因沉默或共抑制 )、动物 (RNA干扰 )和真菌 (消除作用 )等真核生物细胞中的一种对外源遗传因子 (转座子、转基因或病毒 )的特异性和高效率的降解机制。随着对植物病毒分子遗传学认识的加深和对寄主防御系统研究的深入 ,发现了许多控制植物病毒病的方法 ,不过迄今为止最为成功的是通过RNA沉默机制获取抗病毒工程植株。在陈述了RNA沉默机制的研究最新进展基础上 ,提出了如何充分利用该机制进行植物抗病毒转基因研究。

关键词： RNA沉默植物抗病毒基因沉默 RNA干扰

大豆花叶病毒半夏分离物侵染性克隆构建及鉴定

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生物工程学报 2020年第5期36卷 949-958页

作者：张丽王德富裴燕妮咸珅牛颜冰山西农业大学生命科学学院山西晋中030801

大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)作为半夏(Pinellia ternata(Thunb.)Breit.)主要病毒病害之一,已对其产量和品质造成严重影响。构建病毒侵染性克隆是反向遗传学研究病毒基因功能、病毒与宿主相互作用的有力工具,为明确SMV侵染... 详细信息

大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)作为半夏(Pinellia ternata(Thunb.)Breit.)主要病毒病害之一,已对其产量和品质造成严重影响。构建病毒侵染性克隆是反向遗传学研究病毒基因功能、病毒与宿主相互作用的有力工具,为明确SMV侵染半夏的分子机制,开展SMV全长cDNA侵染性克隆的构建特别重要。因此文中利用Gibson体外重组系统对大豆花叶病毒山西半夏分离物(SMV-SXBX)侵染性克隆进行组装,通过农杆菌浸润法接种健康半夏;进一步通过机械传代、逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)证实SMV-SXBX侵染性克隆3′末端含有poly(A)尾56 nt时具有稳定侵染性。该方法便捷、高效,且避免了SMV侵染性克隆在大肠杆菌中的不稳定问题。SMV全长侵染性cDNA克隆的构建,为进一步研究SMV复制和发病的分子机制奠定了基础。

关键词：侵染性克隆大豆花叶病毒 Gibson组装多聚腺苷酸尾半夏

转病毒移动蛋白及复制酶基因烟草的协生和重组风险分析

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中国农业科学 2003年第4期36卷 393-397页

作者：牛颜冰李桂新温瑞周雪平浙江大学生物技术研究所浙江大学生物技术研究所杭州310029

对转化番茄花叶病毒 (ToMV)、烟草花叶病毒 (TMV)移动蛋白 (MP)基因和黄瓜花叶病毒P1株系(CMV P1)部分复制酶基因的 3种转基因烟草 ,分别接种马铃薯X病毒 (PVX)、马铃薯Y病毒 (PVY)、CMVRB株系 (CMV RB)和TMV。症状观察和ELISA测定发现 ... 详细信息

对转化番茄花叶病毒 (ToMV)、烟草花叶病毒 (TMV)移动蛋白 (MP)基因和黄瓜花叶病毒P1株系(CMV P1)部分复制酶基因的 3种转基因烟草 ,分别接种马铃薯X病毒 (PVX)、马铃薯Y病毒 (PVY)、CMVRB株系 (CMV RB)和TMV。症状观察和ELISA测定发现 ,各病毒在转基因烟草和非转基因烟草上的症状及病毒浓度没有显著差异 ,表明这些病毒在转基因烟草上没有协生作用发生。对转化ToMVMP基因和转化CMV P1部分复制酶基因的转基因烟草 ,分别接种TMV和CMV RB ,定期进行生物学、ELISA和免疫捕获反转录PCR(IC RT PCR)检测 ,在 16个月的连续测定中未发现病毒重组现象。

关键词：烟草转基因植物病毒协生重组

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浓度梯度微流控芯片在药物筛选中的应用

化学进展 2021年第7期33卷 1138-1151页

作者：张芳娟刘海兵高梦琪王德富牛颜冰申少斐山西农业大学生命科学学院晋中030801

微流控芯片技术作为21世纪极具代表性的微型分析平台技术之一,以其试剂消耗低、分析微型化、可集成化、易于控制、自动化和良好的生物相容性等优点而成为研究热点,在生物、医学、食品和环境等多个领域都有杰出表现,尤其是药物筛选领域... 详细信息

微流控芯片技术作为21世纪极具代表性的微型分析平台技术之一,以其试剂消耗低、分析微型化、可集成化、易于控制、自动化和良好的生物相容性等优点而成为研究热点,在生物、医学、食品和环境等多个领域都有杰出表现,尤其是药物筛选领域。其中备受关注的浓度梯度微流控芯片更是取得了显著成果。本文综述了近年来用于药物筛选的浓度梯度纸基芯片、浓度梯度水凝胶芯片、浓度梯度液滴芯片、浓度梯度聚二甲基硅氧烷(PDMS)芯片的研究进展;同时对浓度梯度微流控芯片在单细胞分析、组合药物筛选、三维(3D)细胞培养和细胞微环境模拟等方面的应用及优缺点进行了阐述,并在此基础上对其发展前景进行了展望。

关键词：微流控芯片浓度梯度药物筛选