G Ⅱ.17[P17]型诺如病毒基因系统发育聚类特征分析

作     者：李楚楚 艾静 秦圆方 朱立国 胡建利 鲍倡俊 付建光 Li Chuchu;Ai Jing;Qin Yuanfang;Zhu Liguo;Hu Jianli;Bao Changjun;Fu Jianguang

作者机构：江苏省疾病预防控制中心卫健委肠道病原微生物重点实验室南京210009 

出 版 物：《国际病毒学杂志》 (International Journal of Virology)

年 卷 期：2024年第31卷第1期

页      面：8-11页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

主　　题：诺如病毒 基因 系统发育 聚类 

摘      要：目的了解GⅡ.17[P17]型诺如病毒不同基因的发育聚类特征,为GⅡ.17[P17]序列的准确聚类提供依据.方法收集2023年3月至5月聚集性疫情中的GⅡ.17[P17]阳性标本,二代测序获得全基因组序列,与GenBank下载的参考株序列共同构建进化树,分别对各基因(Nterm、NTP、P22、VPg、Pro、RdRp、VP1和VP2)序列进行系统发育聚类分析及熵值分析.结果16个GⅡ.17[P17]阳性标本中共14个获得了全基因组序列,测序深度及覆盖度均较高.首先构建RdRp及VP1基因的系统发育进化树,发育聚类均为6个簇(ClusterⅠ~Ⅵ),其中ClusterⅠ~Ⅳ聚类相同,Cluster V~Ⅵ聚类有少量差异.2023年的标本株序列位于Cluster V.以RdRp聚类为基准,对病毒的8个基因片段进行聚类分析,发现NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好,6个簇均未形成新的分支.此外,这三个基因的熵值位点构成比也处于较低水平.结论诺如病毒GⅡ.17[P17]型别不同基因的系统发育聚类有一定差异,其中NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好.