白花除虫菊叶绿体基因组特征及系统发育研究

作     者：吕薇 付瀚森 李伽文 刘科新 柏锦学 王彩云 何杰芳 曾拓 LYU Wei;FU Hansen;LI Jiawen;LIU Kexin;BAI Jinxue;WANG Caiyun;HE Jiefang;ZENG Tuo

作者机构：贵州师范大学生命科学学院贵阳550000 华中农业大学园艺与林业科学学院教育部园艺植物生物学重点实验室农业农村部华中都市农业重点实验室武汉430000 云南南宝生物科技有限责任公司玉溪653100 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2024年第43卷第1期

页      面：63-77页

学科分类：0710[理学-生物学] 071001[理学-植物学] 07[理学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(32160718) 贵州省科技计划一般项目[ZK301] 黔师新苗19号 贵州省教育厅普通高等学校青年科技人才成长项目[KY170]共同资助 

主　　题：除虫菊酯 叶绿体基因组 基因组比较分析 系统发育分析 白花除虫菊 

摘      要：白花除虫菊(Tanacetum cinerariifolium)是全球唯一集约化种植的杀虫园艺作物,从其头状花序提取的天然除虫菊酯广泛应用于有机农业和家居害虫防控,具有极高的商业价值。本研究通过Illumina HiSeq 2500测序平台对白花除虫菊叶绿体基因组进行了测序,并对其结构特征及系统进化关系进行了分析。结果表明,白花除虫菊叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组大小为150171 bp,包括84个蛋白质编码基因、37个转运RNA基因和8个核糖体RNA基因;密码子偏好性分析发现其叶绿体基因组中密码子末端偏好以A和U结尾,其中亮氨酸的密码子是最常用的,其使用UUA密码子的频率最高,RSCU值为1.88。在其叶绿体基因组中鉴定到简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点共41个,包含37个单核苷酸重复序列、4个复合型核苷酸重复序列;基于菊科(Asteraceae)39个叶绿体基因组序列构建的系统发育树表明,其叶绿体基因组高度保守,除近缘红花除虫菊(***)外,除虫菊类与同为菊科的植物蒿子杆(Ismelia carinata)亲缘较近。本研究结果能为白花除虫菊分子标记的开发、遗传多样性,以及为进一步研究菊蒿属(Tanacetum)植物的保护生物学和种群遗传学奠定基础。