应用生物信息学数据挖掘探究胱硫醚β-合成酶和胱硫醚γ-裂解酶基因表达在肝癌不良预后中的预测价值

作     者：刘子衿 马亚楠 Liu Zijin;Ma Yanan

作者机构：首都医科大学宣武医院消化内科北京100053 首都医科大学附属北京佑安医院肝病消化科北京100069 

出 版 物：《中华肝脏病杂志》 (Chinese Journal of Hepatology)

年 卷 期：2023年第31卷第11期

页      面：1169-1175页

核心收录：

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 0711[理学-系统科学] 1002[医学-临床医学] 07[理学] 08[工学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：肝癌 生物信息学 数据挖掘 胱硫醚β-合成酶 胱硫醚γ-裂解酶 

摘      要：目的探究肝癌和胱硫醚β-合成酶(cystathionineβ-synthase,CBS)基因及胱硫醚γ-裂解酶(cystathionine-γ-lyase,CTH)基因的关系。方法通过挖掘GEO(gene expression omnibus)与TCGA(the cancer genome atlas)数据库,对肝癌的临床特征与CBS及CTH基因表达进行了相关性分析。并通过对肝癌细胞系进行免疫印迹验证。结果CBS及CTH在肿瘤中的表达较非肿瘤明显降低(P0.05)。Cox回归结果显示CBS是肝细胞癌不良预后的独立危险因素(HR=0.65,P=0.02)。针对CBS基因对不同肿瘤分期进行单因素logistics回归分析,发现肝癌TNM分期II期比I期(P=0.01,OR=0.50)、III期比I期(P=0.03,OR=0.56)、T分期T2期比T1期(P0.01,OR=0.43)、T3期比T1期(P=0.02,OR=0.54)CBS基因显著降低。肝癌TNM分期III期比I期(P=0.01,OR=0.50),Edmondson分期II期比I期(P=0.03,OR=0.48),III期比I期(P0.01,OR=0.30),IV期比I期(P=0.03,OR=0.22)CTH基因表达显著降低。GSEA富集分析结果显示,与肝癌细胞CTH与CBS基因表达相关性最高的信号通路为细胞色素P450(FDR Q0.01,FWER P0.01)。免疫印迹结果显示,与人肝永生化细胞系HL-7702相比,HLE和Hep3B细胞等肝细胞癌细胞系中CTH下游蛋白CSE表达降低。结论肿瘤组织中的CBS及CTH基因表达低于正常组织。CBS基因是肝细胞癌不良预后的独立危险因素。与CBS及CTH基因关系最为密切的是信号通路为细胞色素P450通路。