香猪MAP3K4基因结构变异多态性和基因表达研究

作     者：徐婷婷 齐芬芳 黄世会 牛熙 李升 冉雪琴 王嘉福 谢健 XU Tingting;QI Fenfang;HUANG Shihui;NIU Xi;LI Sheng;RAN Xueqin;WANG Jiafu;XIE Jian

作者机构：贵州大学动物科学学院贵阳550025 贵州大学农业生物工程研究院贵阳550025 遵义医科大学医学遗传学教研室遵义563000 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2023年第54卷第12期

页      面：5046-5055页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：国家自然科学基金(31960641) 贵州省科技创新人才团队项目(黔科合平台人才5615) 贵州省“百”层次创新型人才培养项目(黔科合人才4012号) 贵州省科技计划项目(黔科合基础-ZK一般103) 

主　　题：香猪 结构变异 MAP 3K4基因 多态性 肺 

摘      要：基于前期比较基因组学分析,在香猪的丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶4(mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4,MAP 3K4)基因第15内含子中发现一个189 bp的结构变异(MAP3K4-I15-sv189)。为探究该结构变异(structural variation,SV)在香猪群体中的多态性分布及其对基因表达的影响,本研究设计一对特异性引物,建立MAP 3K4基因SV的PCR检测技术,分析香猪群体中该结构变异的基因类型;采用RT-qPCR研究结构变异不同基因型之间基因的差异表达。结果显示,香猪群体中MAP3K4-I15-sv189位点存在两种基因型,DD型和ID型(D为缺失基因,I与参考基因一致),其中D等位基因的频率为97.35%;大白猪群体中检测到3种基因型,DD型、ID型和II型,D等位基因频率为80%。相比之下,香猪的D等位基因频率显著高于大白猪的相应值(PID型II型,表明SV的缺失可能促进MAP 3K4基因的表达。本研究表明,香猪MAP 3K4的结构变异MAP3K4-I15-sv189以缺失型为主,缺失型可促进肺组织MAP 3K4基因的表达。研究结果有助于解析香猪易感肺部疾病的分子机制。