刚地弓形虫ME49虫株ROP16蛋白的生物信息学分析

作     者：党甜甜 殷荷 李佳铭 田婷婷 周月 赵志军 DANG Tiantian;YIN He;LI Jiaming;TIAN Tingting;ZHOU Yue;ZHAO Zhijun

作者机构：宁夏医科大学总医院医学实验中心宁夏银川750004 宁夏医科大学检验学院 宁夏临床病原微生物重点实验室 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2023年第18卷第12期

页      面：1401-1406页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：宁夏自然科学基金项目(No.2022AAC03547) 宁夏回族自治区重点研发计划项目(2023BEG02002) 宁夏医科大学总医院“新入职硕士培养”项目。 

主　　题：刚地弓形虫 ROP16蛋白 生物信息学 免疫原性 

摘      要：目的应用生物信息学方法分析弓形虫ME49虫株ROP16蛋白(ME49-ROP16)的理化性质、结构特点等,并预测其潜在的B、T细胞抗原表位及其互作蛋白,为弓形虫疫苗的研究提供理论基础。方法登录NCBI数据库下载ME49虫株ROP16蛋白的氨基酸序列,利用在线软件ProtParam预测ROP16蛋白的理化性质;使用ProScale预测ROP16蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性及β-折叠;采用SignalP-4.1预测ROP16蛋白的信号肽;运用TMHMM-2.0预测ROP16蛋白的跨膜结构;利用SOMPA和Phyre2预测ROP16蛋白的二、三级结构;通过Netphos3.1、NetNGlyc1.0、YinOYang-1.2预测ROP16蛋白的磷酸化位点、N-糖基化位点和O-糖基化位点;运用Predicting Antigenic Peptides预测ROP16蛋白的抗原决定簇;使用IEDB预测ROP16蛋白的优势B细胞表位;运用SYFPEITHI预测ROP16蛋白的T细胞优势表位;采用STRING预测软件分析与其相互作用的蛋白。结果ME49-ROP16蛋白由707个氨基酸组成,分子式为C_(3338)H_(5350)N_(966)O_(1033)S_(21),相对分子质量76.21631×10^(3),其理论等电点是8.97,不稳定系数为59.30,为不稳定蛋白;脂溶性指数为79.25,总的平均亲水性为-0.320,为亲水性蛋白;其二级结构中α-螺旋占35.64%,延伸链占10.75%,β-转角占5.94%,无规卷曲占47.67%;该蛋白含有83个氨基酸磷酸化位点,14个N-糖基化位点,无O-糖基化位点。ME49-ROP16蛋白具有信号肽序列,无跨膜结构;其平均抗原倾向指数为1.0340,共有25个抗原决定簇区域,有7条B细胞优势表位,14条CTL细胞优势表位,14条Th细胞优势表位,与ACC1、ACC2、PKG、ROP18为互作蛋白。结论生物信息学分析ME49-ROP16蛋白为不稳定亲水性蛋白,含有多个B、T细胞优势表位,并与ACC1、ACC2、PKG、ROP18为互作蛋白,为以该蛋白为靶点的弓形虫疫苗研制奠定了基础。