甲型流感病毒宿主嗜性相关位点的多态性研究

作     者：刘修良 李艳娇 陈伟杰 王雨茜 高其乐 胡晶晶 张志杰 熊成龙 LIU Xiuliang;LI Yanjiao;CHEN Weijie;WANG Yuxi;GAO Qile;HU Jingjing;ZHANG Zhijie;XIONG Chenglong

作者机构：复旦大学公共卫生学院公共卫生安全教育部重点实验室上海200032 

出 版 物：《上海预防医学》 (Shanghai Journal of Preventive Medicine)

年 卷 期：2023年第35卷第7期

页      面：626-633页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81872673)。 

主　　题：甲型流感病毒 基因 宿主 嗜性 氨基酸多态性 

摘      要：【目的】以甲型流感病毒(IAV)毒株的完整内部蛋白编码基因为基础,发现并分析IAV传播过程中出现的影响宿主嗜性类型的单个或相互作用的关键氨基酸位点,为研究IAV的人类宿主适应性突变提供依据。【方法】在全球流感共享数据库(GISAID)EpiFluTM数据库中,根据查询条件获得43671个IAV毒株对应的6个内部基因节段全长核苷酸序列,通过质控与去冗余后保留698个嗜人类亚型(HU)和1266个嗜禽类亚型(AV)代表株,使用R代码比较2种嗜性类别代表株的氨基酸共义序列,获得氨基酸差异位点及其多态性,并对差异位点进行多位点组合分析。【结果】AV与HU中H1N1、H3N2亚型代表株分别进行共有序列比对,各发现49个、57个保守差异位点。差异位点的多位点组合分析,在HU与AV间分别发现79个三位点组合与65个四位点组合。共有11个保守差异位点同时存在于2种组合内:PB2蛋白的271、684位点;PB1蛋白的336、486、581、621位点;PA蛋白的204、356位点;NP蛋白的33、305、357位点;M1和NS1中未发现符合条件的差异位点。【结论】IAV的嗜人和嗜禽类毒株间在PB2、PB1、PA与NP蛋白中存在若干保守氨基酸差异位点,这些位点彼此间可能存在一定形式的互相作用并进而形成特定的组合,共同(而非各自)决定着病毒的宿主嗜性。