山栏稻SNP位点与抗旱相关可变剪接鉴定及分析

作     者：杨新森 李来一 刘彩月 牛晓玲 王柳 裴新梧 袁潜华 Yang Xinsen;Li Laiyi;Liu Caiyue;Niu Xiaoling;Wang Liu;Pei Xinwu;Yuan Qianhua

作者机构：海南大学热带作物学院海口570228 中国农业科学院生物技术研究所北京100089 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年第21卷第20期

页      面：6752-6759页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：联合国开发计划署-全球环境基金项目(HNGEFPMO-2022-CS2.21) 海南省重点研发项目(ZDYF2022XDNY182) 国家科技重大专项-转基因生物新品种培育重大专项(2016ZX08011-001)共同资助 

主　　题：山栏稻 干旱 SNP 可变剪接 分子标记 

摘      要：山栏稻(Oryza sativa L.)是海南特色地方旱稻资源。为了丰富山栏稻单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)信息和探究可变剪切(alternative splicing, AS)在山栏稻抵抗干旱胁迫中的潜在作用,鉴定新的抗旱基因,解析山栏稻抗旱机理。以‘山川24’的链特异性转录组数据为基础,进行了山栏稻SNP和AS的鉴定与分析。共鉴定得到138 966个SNP位点,ABA、叶绿素相关基因存在大量突变位点。干旱后发生337 762次AS事件,TSS事件所占比例最大,5和11号染色体AS相关基因数目显著增加,这些基因显著富集在与能量物质代谢相关的通路。研究结果为水稻抗旱育种和遗传多样性研究提供新的分子标记和科学数据。