普通丝瓜果长相关miRNAs鉴定与表达分析

作     者：许云飞 董文其 邱文敬 吴晓花 李燕 王华森 孙玉燕 

作者机构：青岛农业大学园艺学院山东省园艺作物基因改良工程实验室 浙江省种子管理总站 浙江农林大学园艺科学学院 浙江省农业科学院蔬菜研究所 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：浙江省农业(蔬菜)新品种选育重大科技专项(2021C02065) 浙江省瓜菜种质资源表型精准鉴定共同资助 

主　　题：普通丝瓜 果长 miRNAs 靶基因 差异表达 

摘      要：果长是蔬菜作物重要的农艺性状，与产量形成密切相关。丝瓜果实发育速度快，果长遗传变异丰富，是果长研究的理想材料。目前，丝瓜果长控制基因及调控因子的研究鲜有报道。基于此，本研究以果长具有显著差异的2份普通丝瓜为试验材料，构建长丝瓜(CSG)和短丝瓜(DSG)小RNA文库，经高通量测序及生物信息学分析，获得差异表达miRNAs，预测其靶基因并对靶基因进行京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes， KEGG)功能分析，利用qRT-PCR对差异表达miRNAs进行表达分析。研究结果共获得240个已知miRNAs和814个novel miRNAs，其中105个已知miRNAs和320个novel miRNAs在CSG和DSG中呈现差异表达。靶基因预测获得86个差异表达miRNAs的115个靶基因，包括miR160家族成员的靶基因auxin response factor (ARF)、miR171家族成员的靶基因scarecrow-like、miR319家族成员的靶基因MYB和TCP、miR396家族成员的靶基因Growth-regulating factor (GRF)等。KEGG功能富集分析显示植物激素信号转导等代谢途径呈现显著富集。qRT-PCR对差异表达miRNAs的验证结果与miRNAs测序结果基本一致。本研究获得了参与丝瓜果长调控的关键miRNAs及靶基因，可为葫芦科作物果长分子机理研究提供科学依据。