2020-2021年上海地区分离株柯萨奇病毒A4基因型的全基因组分析

作     者：李云逸 崔心怡 费洁 仲文江 李淑佩 陈敏 LI Yunyi;CUI Xinyi;FEI Jie;ZHONG Wenjiang;LI Shupei;CHEN Min

作者机构：上海市疾病预防控制中心上海200336 上海市嘉定区疾病预防控制中心 上海市青浦区疾病预防控制中心 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2023年第18卷第8期

页      面：875-880页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：上海市卫生健康委员会青年项目(No.20204Y0210)。 

主　　题：柯萨奇病毒A 4 环境污水监测 全基因组 

摘      要：目的对2020-2021年上海市环境污水和健康儿童粪便标本中分离的9株柯萨奇病毒A4(Coxsackievirus A4,CVA4)进行全基因组特征分析。方法利用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomy-osarcoma,RD)和人喉癌上皮细胞(human laryngeal carcinoma,Hep-2)对污水样品和健康儿童粪便样品进行病毒分离,抽提病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),利用Illumina二代测序技术进行全基因组序列测定。使用BioEdit 7.2.5软件对CVA4进行序列比对和同源性分析,使用软件MEGA10.0.4运用最大似然法(Maximum likelihood,ML)构建系统进化树,建树自展值(Bootstrap)检验1000次。使用Similarity Plots3.5.1软件对CVA4代表株进行重组分析。结果2021年上海市健康儿童粪便样品共分离出5株CVA4,2020-2021年环境污水中共分离出4株CVA4。2020年1月和12月以及2021年1-2月和4-5月采集的污水浓缩液均检出CVA4。9株CVA4分离株之间VP1区核苷酸和氨基酸相似性分别为90.2%~100%和96.3%~100%,均属于C2基因亚型。其中5个CVA4代表株间全基因组核苷酸和氨基酸相似性分别为89.8%~99.3%和96.3%~100%。基因重组分析显示,5个CVA4代表株的基因组在P1区与CVA4原型呈现高度相似性,而在5 UTR区域均与CVA6有重组区域,并在P3的3C区域与CVA5和CVA6存在重组现象。结论分离自上海地区的9株CVA4均属于C2基因亚型,该亚型是国内CVA4的优势基因亚型。其中5株CVA4在5􀆳UTR和3C区存在重组现象。本研究可为了解上海流行株CVA4的遗传变异情况提供数据支撑,CVA4的疫苗研发和相关疾病的防控具有参考意义。