提高N-连接完整糖肽鉴定准确性的母离子特征筛选策略

作     者：方正 秦洪强 叶明亮 FANG Zheng;QIN Hong-qiang;YE Ming-liang

作者机构：中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室辽宁大连116023 中国科学院大学北京100049 

出 版 物：《质谱学报》 (Journal of Chinese Mass Spectrometry Society)

年 卷 期：2023年第44卷第3期

页      面：377-386,I0003页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 0832[工学-食品科学与工程（可授工学、农学学位）] 1002[医学-临床医学] 07[理学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 070302[理学-分析化学] 0703[理学-化学] 0701[理学-数学] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家重点研发计划(2022YFC3400801) 国家自然科学基金(22034007)。 

主　　题：蛋白质组学 糖基化修饰 母离子 数据检索 

摘      要：将糖链设置为糖基化位点上的可变修饰是鉴定完整糖肽的常见策略。可变修饰策略的检索性能依赖设置的糖库,糖库越大,产生的随机匹配越多,则完整糖肽鉴定的准确性越差。随机匹配的完整糖肽会造成母离子质荷比的分配发生同位素偏移,进而影响糖链部分的鉴定。由于可变修饰检索只考虑肽段的碎裂,而忽略糖修饰碎裂产生的糖碎片离子,因此,该方法仅依赖二级质谱图信息无法系统地对母离子和完整糖肽的匹配进行评估与考察。基于一级质谱图的母离子特征(如流出曲线、强度分布等信息)可实现对鉴定结果的筛选,排除母离子同位素偏移导致的错误鉴定,提高完整糖肽结果的准确性。本方法通过母离子特征筛选,在同位素标记的酵母标准数据集中将鉴定假阳性率从11.31%降至4.15%。小鼠组织样品的数据处理结果表明,该方法可用于提升复杂体系中完整糖肽鉴定的准确性。