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基于网络药理学及蛋白质组学探讨优韧集胶囊改善骨质疏松的作用机制

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中国中药杂志 2025年第2期50卷 515-526页

作者：高云航李晗李建良宋玲陈腾飞侯红平彭博李鹏张广平中国中医科学院中药研究所北京100700 河北御芝林生物科技有限公司河北石家庄050000

应用网络药理学与蛋白质组学技术,探讨优韧集胶囊(Yourenji Capsules,YRJ)改善骨质疏松可能的药效作用机制。将SD大鼠随机分为空白对照组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物,利用UPLC-Q-TOF-MS/MS比较空白血清、含药血清和YRJ样品... 详细信息

应用网络药理学与蛋白质组学技术,探讨优韧集胶囊(Yourenji Capsules,YRJ)改善骨质疏松可能的药效作用机制。将SD大鼠随机分为空白对照组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物,利用UPLC-Q-TOF-MS/MS比较空白血清、含药血清和YRJ样品,分析主要入血成分。基于YRJ入血成分进行网络药理学分析,获取入血成分相关靶点及骨质疏松疾病涉及靶基因,绘制韦恩图获取药物作用靶点与疾病靶点的交集。采用STRING数据库进行潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析,构建PPI网络。利用Enrichr进行GO功能富集和KEGG通路富集,探究YRJ的潜在作用机制。采用双侧卵巢去势法(OVX)构建大鼠骨质疏松模型,分为假手术组、模型组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物。取大鼠股骨进行非标记蛋白质组学技术(Label-free)检测各组间差异蛋白的表达,并进行差异蛋白的GO功能和KEGG通路富集分析。结合网络药理学和蛋白质组学结果预测YRJ改善骨质疏松的作用机制。入血成分结果显示,YRJ血清入血成分23个,入血成分网络药理学结果显示,涉及肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤抑制蛋白53(TP53)、蛋白激酶(AKT1)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等核心靶点,主要参与破骨细胞分化、雌激素信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路等;蛋白质组学涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路、β-丙氨酸代谢等重要通路。网络药理学和蛋白质组学共同揭示了YRJ改善骨质疏松的作用机制可能与调控炎症、成骨细胞和破骨细胞代谢通路密切相关,主要通路包括NF-κB信号通路、MAPK信号通路、PPAR信号通路等。

关键词：优韧集胶囊骨质疏松双侧卵巢去势模型网络药理学蛋白质组学

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灰霉菌侵染葡萄叶片初期的蛋白质组学研究

园艺学报 2025年第2期52卷 279-291页

作者：赵钰磊李珊李承男马金龙马红义尹晓宁夏大学葡萄酒与园艺学院银川750021

利用非标记定量蛋白质组学技术,对易感灰霉病的欧洲葡萄(Vitis vinifera)品种‘黑比诺’和高抗灰霉病的野生山葡萄(***)品种‘双优’的幼嫩叶片进行灰霉菌接种,以接种无菌水为对照,分析二者在灰霉菌侵染初期(接种后12 h)的差异表达蛋白... 详细信息

利用非标记定量蛋白质组学技术,对易感灰霉病的欧洲葡萄(Vitis vinifera)品种‘黑比诺’和高抗灰霉病的野生山葡萄(***)品种‘双优’的幼嫩叶片进行灰霉菌接种,以接种无菌水为对照,分析二者在灰霉菌侵染初期(接种后12 h)的差异表达蛋白。2个品种共鉴定出12210个蛋白质,在‘黑比诺’中,检测出868个差异表达蛋白,‘双优’中检测出1946个差异表达蛋白。通过GO和KEGG富集分析,发现差异表达蛋白主要集中于代谢通路、次生代谢物、氨基酸代谢等信号途径中。在2个品种中共筛选出10个关键差异表达蛋白,并且在高抗品种‘双优’中筛选出的过氧化物酶、谷胱甘肽转移酶、酯氧合酶、乙醛脱氢酶和二苯乙烯合酶的表达量发生上调,NADH脱氢酶和碳酸酐酶的表达量受到抑制,说明以上蛋白在‘双优’叶片受到灰霉菌侵染过程中起重要作用,其中过氧化物酶在易感品种‘黑比诺’中也有表达,表明过氧化物酶在葡萄叶片受灰霉菌侵染初期积极响应,是重要差异表达蛋白。

关键词：葡萄灰霉菌蛋白质组学差异表达蛋白实时荧光定量PCR

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基于蛋白质组学和网络药理学探讨小儿化痰止咳颗粒治疗过敏性咳嗽的作用机制

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中国实验方剂学杂志 2025年第3期31卷 69-79页

作者：杜友启徐旖旎廖佳佳龙朝文邰诗蝶杜友文李松甘诗泉沈祥春陶玲杨熟英付凌云贵州医科大学贵州安顺561113 贵州省科晖制药有限公司贵阳550014

目的:基于蛋白质组学、网络药理学共同探讨小儿化痰止咳颗粒(XEHT)在治疗过敏性咳嗽(AC)可能涉及的药理作用机制。方法:通过腹腔注射含卵蛋白(OVA)2 mg和氢氧化铝100 mg的混悬液1 mL致敏后,以1%OVA雾化构建豚鼠AC模型,随机分为模型组、X... 详细信息

目的:基于蛋白质组学、网络药理学共同探讨小儿化痰止咳颗粒(XEHT)在治疗过敏性咳嗽(AC)可能涉及的药理作用机制。方法:通过腹腔注射含卵蛋白(OVA)2 mg和氢氧化铝100 mg的混悬液1 mL致敏后,以1%OVA雾化构建豚鼠AC模型,随机分为模型组、XEHT低、中、高剂量组(1、5、20 g·kg^(-1))与孟鲁斯特钠组(1 mg·kg^(-1))每组6只,正常组6只。给药组按剂量灌胃给予相应药液,正常组和模型组灌胃给予同体积生理盐水,1次/d,连续给药10 d,以1%OVA雾化刺激豚鼠,观察咳嗽次数;苏木素-伊红(HE)染色观察肺组织病理变化;酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测肺泡灌洗液(BALF)中C反应蛋白(CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)及血清中免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)的含量;免疫组织化学法(IHC)观察肺部组织中IL-6、TNF-α的蛋白表达;透射电镜观察肺泡Ⅱ型上皮细胞超微结构;实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)测定肺组织中IL-6、白细胞介素-1β(IL-1β)、TNF-αmRNA水平。采用非标记蛋白质组学技术(Label Free)检测各干预组间差异蛋白;网络药理学预测XEHT治疗AC的作用靶点,将蛋白组学及网络药理学的结果进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析并寻找相同的作用通路。结果:与正常组比较,模型组咳嗽次数显著增加(P组织充血及炎症细胞浸润明显,IL-6和TNF-α蛋白表达水平升高(P组比较,各给药组咳嗽次数减少(P组血清IgA、IgG含量降低(P组肺组织充血及炎症细胞浸润及Ⅱ型上皮细胞损伤不同程度缓解,IL-6、TNF-α蛋白表达水平降低(P组IL-6、IL-1β、TNF-αmRNA表达减少(P组IL-6、TNF-αmRNA表达减少(P蛋白组学和网络药理学KEGG通路富集中存在交集。结论:蛋白质组学结合网络药理学分析共同揭示了XEHT改善AC的作用与调控Phospholipase D、mTOR及ErbB信号通路密切相关。

关键词：过敏性咳嗽小儿化痰止咳颗粒蛋白质组学网络药理学作用机制

基于整合UPLC/Q-TOF-MS技术-网络药理学-蛋白质组学的坤心宁颗粒质量标志物(Q-Marker)研究

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中草药 2025年第3期56卷 843-854页

作者：王雯爽刘凯昕李云鹃周桂荣张曼侯媛媛白钢南开大学药学院药物化学生物学国家重点实验室天津300353 天士力医药集团股份有限公司现代中药创制全国重点实验室天津300410 天津市组分中药重点实验室天津300410

目的采用超高效液相色谱-飞行时间质谱联用(UPLC/Q-TOF-MS)技术、网络药理学及蛋白质组学方法,对坤心宁颗粒中的潜在质量标志物(quality markers,Q-Marker)进行预测分析,并建立坤心宁颗粒的质量评价方法。方法采用UPLC/Q-TOF-MS技术对... 详细信息

目的采用超高效液相色谱-飞行时间质谱联用(UPLC/Q-TOF-MS)技术、网络药理学及蛋白质组学方法,对坤心宁颗粒中的潜在质量标志物(quality markers,Q-Marker)进行预测分析,并建立坤心宁颗粒的质量评价方法。方法采用UPLC/Q-TOF-MS技术对坤心宁颗粒及给药后大鼠血浆中的化学成分(入血成分)进行解析;应用蛋白质组学技术挖掘坤心宁颗粒改善肾阴阳两虚型围绝经期综合征(perimenopausal syndrome,PMS)的关键信号通路;通过网络药理学对入血成分进行靶点预测,联合蛋白质组学差异通路分析,确定坤心宁颗粒的潜在Q-Marker;基于HPLC技术建立坤心宁颗粒中8种Q-Marker的定量方法,实现对坤心宁颗粒的质量评价。结果UPLC/Q-TOF-MS检测结合质谱数据及文献数据分析,鉴定出坤心宁颗粒中20种入血成分,结合网络药理学和蛋白质组学技术最终确定梓醇、地黄苷D、芍药苷、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、(-)-丁香树脂酚-4-O-β-D-呋喃芹糖基-(1→2)-β-D-吡喃葡萄糖苷、仙茅苷、淫羊藿苷和宝藿苷Ⅰ共8种成分为坤心宁颗粒的QMarker;建立HPLC分析方法对15批坤心宁颗粒样品进行定量测定,结果显示各批样品中8种Q-Marker含量均保持稳定。结论借助多维分析技术确定了坤心宁颗粒中的8种潜在Q-Marker,为其全面质量控制提供有效手段。

关键词：坤心宁颗粒围绝经期综合征质量标志物 UPLC/Q-TOF-MS技术网络药理学蛋白质组学梓醇地黄苷D 芍药苷毛蕊异黄酮葡萄糖苷 (-)-丁香树脂酚-4-O-β-D-呋喃芹糖基-(1→2)-β-D-吡喃葡萄糖苷仙茅苷淫羊藿苷宝藿苷Ⅰ

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蛋白质组学

卫生毒理学杂志 2003年第1期17卷 50-50页

作者：顾祖维上海市疾病预防控制中心

蛋白质组学（proteomics）是研究细胞内全部蛋白质的组成及其规律的学科。基因的表达受生物体内环境的影响，表达的时间、空间及顺序受严格的调控机制所制约。蛋白质组与基因组不同，前者具有动态的过程，后者则是相对恒定的，所以蛋白... 详细信息

蛋白质组学（proteomics）是研究细胞内全部蛋白质的组成及其规律的学科。基因的表达受生物体内环境的影响，表达的时间、空间及顺序受严格的调控机制所制约。蛋白质组与基因组不同，前者具有动态的过程，后者则是相对恒定的，所以蛋白质组学是研究复杂的基因间相互作用，细胞内部的活动和环境的影响致的基因表达及蛋白质翻译后加工的动态过程。当前主要着重于：①建立正常生理条件下的蛋白质组图谱及其数据库；②比较分析在病理或治疗等正常生理变化的条件下，蛋白质组随之所发生的变化，如蛋白质表达量的变化，翻译后的加工修饰的变化，分析蛋白质在亚细胞水平上的定位改变等；③通过比较分析不同条件蛋白质组的变化，着眼发现和鉴定出特定功能的蛋白质或蛋白质群。蛋白质组学的研究对揭示生命活动规律，探讨重大疾病机制、疾病诊断和防治、新药的开发提供重要的理论基础。目前已有数十种蛋白质芯片系统问世，为蛋白质组学研究提供了强有力的手段。

关键词：蛋白质组学基因组蛋白质组图谱蛋白质组数据库

基于蛋白质组学的胃癌风险相关组织和血浆蛋白标签研究

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中华预防医学杂志 2025年第03期59卷 302-308页

作者：杨兰心考赛尔·艾尼瓦尔李雪许恒敏周彤张阳张婧莹游伟程潘凯枫李文庆北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所流行病学研究室消化系肿瘤整合防治全国重点实验室恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室北京北京大学公共卫生学院北京浙江省肿瘤医院中国科学院杭州医学研究所杭州北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所流行病学研究室恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室北京

目的基于蛋白质组学识别与胃癌风险存在关联的蛋白并构建预测胃癌风险的蛋白评分。方法依托胃黏膜组织蛋白质组学数据构建数据集1, 纳入胃癌病例94例和不同胃黏膜病变阶段研究对象230例, 胃癌病例来源于山东临朐胃癌高发现场的国家上消... 详细信息

目的基于蛋白质组学识别与胃癌风险存在关联的蛋白并构建预测胃癌风险的蛋白评分。方法依托胃黏膜组织蛋白质组学数据构建数据集1, 纳入胃癌病例94例和不同胃黏膜病变阶段研究对象230例, 胃癌病例来源于山东临朐胃癌高发现场的国家上消化道癌早诊早治项目、解放军总医院第五医学中心及北京大学肿瘤医院的临床诊断患者;非患癌研究对象则来自山东临朐国家上消化道癌早诊早治项目和北京中医药大学东方医院的社区筛查, 所有个体均经病理诊断确认。采用多因素logistic回归分析筛选与胃癌风险显著相关的胃黏膜组织蛋白。随后, 基于英国生物银行蛋白质组学项目(UKB-PPP), 纳入基线胃癌病例(40例)与未患癌者(47 933名)构建数据集2, 将前瞻性队列随访期间胃癌患者(138例)与未患癌者(47 933名)纳入数据集3。基于数据集2和3, 分别采用多因素logistic回归模型分析和多因素Cox比例风险回归模型, 探讨组织差异蛋白在血浆中的水平与基线胃癌风险及前瞻性队列随访胃癌发生风险的关联。基于数据集2的每个蛋白效应值, 通过加权求和方法构建多蛋白风险评分, 并进一步通过线性回归方法进行趋势性检验, 评价其与胃癌及不同胃黏膜病变的关联。结果数据集1、2和3的分别纳入324、47 973和48 071位研究对象, 3个数据集中, 胃癌组男性占比和>60岁者的占比均高于非胃癌组(均P组的随访时间M(P25, P75)为7.4(4.6, 11.3)年。基于数据集1, 调整年龄和性别的多因素logistic回归分析得到2524个组织层面的差异蛋白, 随后依托数据集2和3, 筛选出7个在胃黏膜组织和血浆层面均与胃癌关联且所有关联方向均一致的蛋白, 其中5个(MRC1, APOL1, BST2, PON2和GGH)与胃癌呈正向关联, 2个(GSN和CLEC3B)与胃癌呈负向关联。随后依托7个蛋白构建的多蛋白风险评分(PRS)分析结果显示, 组织PRS每增加1个标准差, 胃癌风险增加至6.26倍(95%CI:4.02～9.75)。数据集2中血浆PRS每增加1个标准差, 胃癌风险增加至2.13倍(95%CI:1.68～2.69);在数据集3的前瞻性队列中, 与低评分组相比, 高评分组的胃癌发病风险增加至2.27倍(95%CI:1.50～3.45);风险评分每增加1个标准差, 胃癌发病风险增加57%(HR=1.57, 95%CI:1.34～1.84)。并且胃黏膜组织PRS随病变加重呈现上升趋势。结论基于蛋白质组学筛选出7个可能指示胃癌发生风险的个体蛋白, 可作为胃癌辅助筛查标志物。

关键词：胃癌胃黏膜组织蛋白质组学蛋白风险评分

基于蛋白质组学方法探讨四氯化碳诱导的小鼠急性肝损伤的差异蛋白表达

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生物技术通报 2025年第2期41卷 331-342页

作者：黎伟华吴璟金学琴雷艳丽宁夏医科大学基础医学院宁夏医科大学药学院

【目的】应用标记定量（TMT）蛋白质组学技术，探究化学诱导剂（carbon tetrachloride,CCl4）致小鼠急性肝损伤的作用机制。【方法】20只SPF级雄性BALB/C小鼠随机分为对照组和诱导组，每组10只，腹腔注射诱导8周（2次/周）。通过测定血... 详细信息

【目的】应用标记定量（TMT）蛋白质组学技术，探究化学诱导剂（carbon tetrachloride,CCl4）致小鼠急性肝损伤的作用机制。【方法】20只SPF级雄性BALB/C小鼠随机分为对照组和诱导组，每组10只，腹腔注射诱导8周（2次/周）。通过测定血液生化水平及肝组织病理切片等指标评价肝损伤的程度。通过串联质谱标记技术（TMT）进行蛋白质组学分析，对发现的差异蛋白进行基因本体论（GO）注释、KEGG通路和蛋白互作网络分析。【结果】与对照组比较，CCl4诱导组的血液生化指标谷草转氨酶（aspartate aminotransferase,AST）的值显著升高（P组织病理切片显示CCl4诱导组小鼠肝损伤明显。利用TMT技术共鉴定了5 955个蛋白，其中440个蛋白强度增加，294个蛋白强度降低，差异蛋白在蛋白表达差异倍数、生物标志物应用和参与经典信号通路（JAK-STAT、PI3K-Akt、Rap1、GnRH、AGE-RAGE）中发挥重要作用。经典信号通路中差异蛋白存在显著富集，且富集程度相对较高。【结论】CCl4作为肝损伤评价的理想化学诱导剂，参与了机体免疫、细胞分裂、凋亡和自噬、炎症和肿瘤形成等多个关键过程，多方向多靶点还原了肝损伤的病理机制，为保肝药物的研发提供了坚实的理论基础和视角。

关键词：蛋白质组学四氯化碳肝损伤小鼠

木犀草素抑制结直肠癌SW620细胞生长的蛋白质组学机制研究

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分析化学 2025年第02期53卷 258-270页

作者：赵佳威孟波陆澳韩梓星叶子弘赵洋中国计量大学生命科学学院浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室中国计量科学研究院前沿计量科学中心国家市场监管技术创新中心(质谱)

随着结直肠癌发病率的持续攀升，患者群体呈年轻化趋势。现有治疗方案虽然能延长生存期，却不可避免地带来严重的副作用，因此，开发新型治疗策略势在必行。木犀草素（Luteolin, LUT）作为天然草药活性成分，其广谱抗肿瘤效应在多种癌... 详细信息

随着结直肠癌发病率的持续攀升，患者群体呈年轻化趋势。现有治疗方案虽然能延长生存期，却不可避免地带来严重的副作用，因此，开发新型治疗策略势在必行。木犀草素（Luteolin, LUT）作为天然草药活性成分，其广谱抗肿瘤效应在多种癌症研究中得到了证实，然而其对结直肠癌的作用机制尚未明确。本研究从蛋白质组-糖蛋白质组协同调控角度揭示了LUT对结直肠癌SW620细胞的分子作用机制。采用蛋白质组学分析鉴定出472个差异表达的蛋白质。功能富集分析显示，下调蛋白质主要参与氧化应激反应、mRNA处理、RNA剪接以及肌动蛋白纤维组织等关键生物过程，并涉及氧化磷酸化和过氧化物酶体通路；而上调蛋白质则主要参与DNA复制、蛋白质折叠及rRNA代谢等过程，与DNA复制和内质网中蛋白质加工通路密切相关。在糖蛋白质组学层面，本研究发现了231条差异表达的完整N-糖肽。对应糖蛋白的功能富集分析表明，LUT可能通过调节核组织、核膜组织和Fc受体介导的刺激信号通路等生物过程，以及内质网蛋白质加工和N-糖基化生物合成通路发挥生物学效应。关键互作网络分析鉴定出5个核心靶蛋白，分别为RPS15A、WDR43、FBL、UTP18和UTP11，这些蛋白缺失已被证实可抑制多种肿瘤细胞增殖和迁移。值得注意的是，溶酶体相关膜蛋白LAMP1和LAMP2的糖基化修饰改变提示LUT可能通过调控细胞器动态影响肿瘤转移潜能。本研究结果揭示了LUT可通过特异性调控蛋白表达网络与糖基化修饰模式双重机制抑制结肠癌细胞恶性表型，为基于天然产物的结直肠癌精准治疗提供了新型分子靶标和理论依据。

关键词：结直肠癌木犀草素蛋白质组学糖蛋白质组学

基于纳升液相色谱串联四极杆飞行时间质谱的急性敌草快中毒患者的血浆蛋白质组学研究

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中华急诊医学杂志 2025年第3期34卷 342-349页

作者：张天祺杨娜王敏罗雪梅朱怀军南京鼓楼医院宅(南京大学医学院附属鼓楼医院)药学部南京210008

目的应用蛋白质组学技术研究急性敌草快中毒患者的血浆蛋白表达特征,筛选急性敌草快中毒诊疗和预后相关的靶标和生物标志物。方法本研究为病例对照研究。纳入人群为2022年8月至2023年12月在南京大学医学院附属鼓楼医院收治的敌草快中... 详细信息

目的应用蛋白质组学技术研究急性敌草快中毒患者的血浆蛋白表达特征,筛选急性敌草快中毒诊疗和预后相关的靶标和生物标志物。方法本研究为病例对照研究。纳入人群为2022年8月至2023年12月在南京大学医学院附属鼓楼医院收治的敌草快中毒患者。选取同期对年龄与性别匹配后的健康志愿者作为对照组。收集两组人群的一般临床资料和血浆样本,应用基于纳升液相色谱串联四极杆飞行时间质谱的蛋白质组学技术对血浆蛋白进行定性与定量检测。采用Mann-Whitney U检验比较两组血浆蛋白表达差异。结果本研究共纳入8例敌草快中毒患者与7例健康对照,共鉴定得到491个血浆蛋白。与对照组相比,中毒组有76个差异表达蛋白,包括35个上调蛋白和41个下调蛋白。GO分析表明,差异表达蛋白主要与氧转运蛋白活性、受体结合以及透明质酸结合内肽酶抑制剂活性等相关;KEGG通路富集分析发现其与补体和凝血级联反应,中性粒细胞外陷阱形成以及血小板活化有关。此外,脂联蛋白(adiponectin,ADIPOQ)的表达不仅在中毒患者中升高,在非幸存者中的表达高于幸存者(P蛋白表达异常,可能参与敌草快中毒的病理过程。ADIPOQ对急性敌草快中毒的诊疗和预后具有潜在的应用价值。

关键词：敌草快纳升液相色谱串联四极杆飞行时间质谱蛋白质组学预后生物标志物