基于PacBio平台的黄颡鱼全长转录组测序及分析

作     者：王家琪 熊阳 韩庆庆 皇培培 梅洁 WANG Jia-qi;XIONG Yang;HAN Qing-qing;HUANG Pei-pei;MEI Jie

作者机构：华中农业大学水产学院武汉430070 

出 版 物：《湖北农业科学》 (Hubei Agricultural Sciences)

年 卷 期：2023年第62卷第4期

页      面：194-201页

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(3190210143) 

主　　题：黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) PacBio 全长转录组 可变剪接 信号通路 

摘      要：为进一步丰富黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)信息数据库,采用PacBio测序平台对黄颡鱼的肝脏、肾、背部肌肉、脑、脾、心脏、皮肤、血液、鳃、性腺等组织进行全长转录组混样测序。共获得685574个全长非嵌合(Full-length non-chimeric read,FLNC)序列,通过与黄颡鱼基因组比对分析,共获得72509个非冗余isoforms,平均长度为2918 bp。共鉴定到3169个LncRNA、45872个可变剪接事件、4881个基因存在可变多聚腺苷酸化位点和304个融合基因。将12492个新基因与NR、GO、KEGG、KOG和Swwassprot 5个公共数据库进行比对,成功注释了7233个isoforms。GO分析发现,新基因主要集中于细胞过程(Cellular process)、细胞组分(Cell)和结合功能(Binding)。KEGG pathway分析显示,新基因主要在信号转导(Signal transduction)和免疫系统(Immune system)信号通路中得到富集,此外,涉及黄颡鱼生殖与繁殖相关的内分泌系统代谢途径包括催产素信号通路、雌二醇信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟、促性腺激素释放激素信号通路和卵巢类固醇合成。