基于板栗全基因组序列的SSR标记开发与应用

作     者：白晓倩 许敏 王武 张仕杰 赵玉强 陈于 朱灿灿 

作者机构：南京农业大学 江苏省中国科学院植物研究所 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：江苏省板栗林木种质资源库项目(苏林办种4) 江苏省中国科学院植物研究所重点实验室项目(JSPKLB202043、JSPKLB202030)共同资助 

主　　题：板栗 全基因组 SSR分子标记 遗传多样性 

摘      要：为给栗属植物种质资源鉴定和遗传多样性分析提供技术支撑并提高育种效率，利用MISA软件对板栗全基因组测序数据进行搜索，共检测到135 714个SSR位点，其中二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复占比较高，分别为60.21%、14.97%和17.28%。利用Primer 3.0软件设计合成SSR引物153对，通过聚丙烯酰氨凝胶电泳初选出140对有效扩增引物，复筛出134对多态性引物。140对有效扩增引物在栗属3个种质间平均有效扩增率为89.76%，具有较高的通用性。从多态性引物中挑选4对高多态性引物对50份板栗品种进行遗传多样性和聚类分析，结果表明，多态位点百分率为100%，平均每对引物的等位基因数为7.75个，有效等位基因比例为52.44%；Shannon’s多态性信息指数、Nei’s多样性指数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量PIC的平均值分别为1.598 3、0.719 9、0.280 0、0.727 2和0.690 6；通过聚类分析，将50份板栗品种分为三大类。研究结果可为板栗乃至栗属植物的遗传多样性研究、品种鉴定、亲缘关系分析、良品选育和核心种质资源构建等研究提供参考。