基于二代测序技术的MNP标记鉴别刺芹侧耳菌株

作     者：魏传正 王朦 张鹏 刘芳 严俊杰 谢宝贵 邓优锦 谢路昱 WEI Chuanzheng;WANG Meng;ZHANG Peng;LIU Fang;YAN Junjie;XIE Baogui;DENG Youjin;XIE Luyu

作者机构：福建农林大学菌物研究中心福建福州350002 中国农业科学院都市农业研究所四川成都610213 新加坡国立大学计算机学院肯特岗117417 

出 版 物：《食用菌学报》 (Acta Edulis Fungi)

年 卷 期：2023年第30卷第1期

页      面：1-9页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：国家重点研发计划课题(2022 YFD 1200604) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(Y2021XK03) 四川省科技计划(2021YFYZ0026)。 

主　　题：遗传相似度 品种鉴定 二代测序 多聚单核苷酸多态性 拮抗反应 

摘      要：以31个刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株及福建省主栽品种‘Ple 0100’为材料,经二代测序与标记序列筛选,构建32个菌株的MNP标记数据库,结果表明,32个菌株之间的遗传相似度为1.79%~99.60%,其中DUS16与DUS17的遗传相似度为99.60%,DUS02与DUS23、DUS30的遗传相似度均为99.01%,DUS23与DUS30的遗传相似度为99.20%。拮抗实验结果表明,遗传相似度高的菌株之间无拮抗现象,可能是极近似品种或相同品种。对3家刺芹侧耳生产企业的子实体、子实体组织分离物、废菌渣、菇脚进行MNP检测,发现这些样品与‘Ple 0100’的遗传相似度均为100.00%,表明利用MNP标记进行品种鉴别的材料不限于菌丝体。对5个自交菌株及其亲本进行MNP标记检测,结果表明,自交菌株之间遗传相似度为26.84%~61.43%,与亲本之间的遗传相似度为28.43%~78.33%,表明刺芹侧耳减数分裂过程中存在广泛的染色体重组和同源染色体交换。对国内52家刺芹侧耳生产企业的56份鲜菇样品的组织分离物进行MNP检测,发现与‘Ple 0100’的相似度均为100.00%,表明国内刺芹侧耳栽培品种高度一致。研究结果表明基于二代测序技术的MNP标记技术可用于刺芹侧耳菌株间遗传相似度分析及新菌株鉴别。