多发伤继发脓毒症关键基因及其机制的生物信息学分析

作     者：谢郭豪 张文远 叶慧 方向明 Xie Guohao;Zhang Wenyuan;Ye Hui;Fang Xiangming

作者机构：浙江大学医学院附属第一医院麻醉科杭州310003 

出 版 物：《中华麻醉学杂志》 (Chinese Journal of Anesthesiology)

年 卷 期：2022年第42卷第12期

页      面：1490-1495页

学科分类：100218[医学-急诊医学] 1002[医学-临床医学] 1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 10[医学] 

主　　题：脓毒症 基因 多发伤 

摘      要：目的:基于生物信息学方法分析多发伤继发脓毒症的关键基因及其机制。方法:从基因表达综合(GEO)数据库中下载GSE70311数据集,采用limmaR包筛选多发伤继发脓毒症患者外周血中差异表达基因(DEGs),进一步借助clusterProfilerR包对DEGs进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。最后通过STRING在线数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并基于Cytohubba确定多发伤继发脓毒症的关键基因。结果:在GSE70311数据集中,获得328个DEGs。GO富集分析结果显示,多发伤继发脓毒症的DEGs介导了T细胞分化、细胞因子生成过程的正调控、对细菌的防御反应、对病毒的反应以及对病毒的防御反应等。KEGG通路富集分析结果显示,多发伤继发脓毒症的DEGs在造血细胞谱系、金黄色葡萄球菌感染、哮喘、Th1和Th2细胞分化以及抗原加工/提呈等信号通路中显著富集。通过PPI分析进一步筛选出5个关键基因:STAT1、IFIT3、ISG15、IFIT1以及MX1。结论:STAT1、IFIT3、ISG15、IFIT1以及MX1是多发伤继发脓毒症潜在的关键基因,这些基因主要参与了T细胞分化、细胞因子生成过程的正调控以及对病原微生物的防御反应,并富集于Th1和Th2细胞分化以及抗原加工/提呈等信号通路。